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By combining this with previously published adipocyte-specific proteome data, we identified proteins associated with 7340 genes in human adipocytes. This information was used to reconstruct a comprehensive and functional genome-scale metabolic model of adipocyte metabolism. The resulting metabolic model, iAdipocytes1809, enables mechanistic insights into adipocyte metabolism on a genome-wide level, and can serve as a scaffold for integration of omics data to understand the genotype-phenotype relationship in obese subjects. By integrating human transcriptome and fluxome data, we found an increase in the metabolic activity around androsterone, ganglioside GM2 and degradation products of heparan sulfate and keratan sulfate, and a decrease in mitochondrial metabolic activities in obese subjects compared with lean subjects. Our study hereby shows a path to identify new therapeutic targets for treating obesity through combination of high throughput patient data and metabolic modeling.. null, 9. Department of Chemical and Biological Engineering, Chalmers University of Technology, Gothenburg, Sweden.adilm@chalmers.seChalmers University of TechnologyWe evaluated the presence/absence of proteins encoded by 14 077 genes in adipocytes obtained from different tissue samples using immunohistochemistry. By combining this with previously published adipocyte-specific proteome data, we identified proteins associated with 7340 genes in human adipocytes. This information was used to reconstruct a comprehensive and functional genome-scale metabolic model of adipocyte metabolism. The resulting metabolic model, iAdipocytes1809, enables mechanistic insights into adipocyte metabolism on a genome-wide level, and can serve as a scaffold for integration of omics data to understand the genotype-phenotype relationship in obese subjects. By integrating human transcriptome and fluxome data, we found an increase in the metabolic activity around androsterone, ganglioside GM2 and degradation products of heparan sulfate and keratan sulfate, and a decrease in mitochondrial metabolic activities in obese subjects compared with lean subjects. Our study hereby shows a path to identify new therapeutic targets for treating obesity through combination of high throughput patient data and metabolic modeling.Integration of clinical data with a genome-scale metabolic model of the human adipocyte.Mardinoglu Adil A, Agren Rasmus R, Kampf Caroline C, Asplund Anna A, Nookaew Intawat I, Jacobson Peter P, Walley Andrew J AJ, Froguel Philippe P, Carlsson Lena M LM, Uhlen Mathias M, Nielsen Jens JDesc, DESCR., Description, Descriptive, Descriptor, description, Product Description/Appearancescale tissue, SesB, nak-1, A/A-T/sesB, HEMERA, Nur77, n10, hmr, peltate hair, Hbr-1, jive, l(1)G0386, Human, T31E10_2, Human cell, CG1619, l(1)9Fa, l(1)EM31, gfrp1, S12, l(1)DC701, scales, T31E10.2, plastid transcriptionally active 12, NICR1066, Hbr1, ADP/ATP translocase, Ngfi-b, NP10, ses B, ANT, scale, l(1)S12, Genomes, l(1)9Ed, dANT, plant peltate hair, anon-WO02059370.55, A/A-T, NGFI-B, np10, ANT1, TIS1, whole genome, Gfrp, ADT2, ngf1b, BcDNA:LD22117, CG16944, EM12, Hmr-mel, NGFIB, nr4a1-A, l(1)G0126, l(1)G0247, orangi, Hmr, HMR, N10, nur77, DmelCG1619, TR3, tr3, NAK-1, DmelCG16944, NUR77, GFRP1, Human 细胞.biochemical pathways, Immunogold-Silver, scale tissue, Metabolic Process, Materials, human being, Activity, Transcriptome Profile, Processes, GM2, peltate hair, number, Metabolic Concepts, obesity disease, Gene Expression Profile, 5 alpha Androstan 3 alpha ol 17 one, Gene, Profiles, broad, Metabolic Processes, Technic, mitochondrial, presence, cellular catabolism, Adiposis, Human, Obesity, Obese, Techniques, unspecified, DmelCG3424, Client., Immunogold-Silver Techniques, Homo sapiens, 3-alpha-Hydroxy-5-alpha-Androstan-17-One, Metabolism, Keratosulfate, Immunogold-Silver Technique, Gene Products, Concepts, cellular degradation, Metabolism Concept, Phenomenon, Heparitin, Metabolism Phenomena, Technique, Man, anon-WO0118547.370, Immunogold Silver Technics, study, Genetic, Man (Taxonomy), Genomes, breakdown of chemical, catabolism, plant peltate hair, Profile, absent from organism, Having too much body fat, Tissue, Metabolic Concept, metabolic process resulting in cell growth, Overweight and obesity, 3 alpha Hydroxy 5 alpha Androstan 17 One, Signatures, Genotypes, Immunogold-Silver Technic, Expression Signature, Lipocytes, Clients, Immunolabeling Technique, Epiandrosterone, Transcriptomes, Therapies, Lipocyte, biotransformation, lipocyte, 9330151E16Rik, Heparan Sulfate, Catabolism, Immunogold Technics, Therapy, cellular breakdown, sulfate, Transcriptome, wide/broad, Immunogold Technic, degradation, Process, obese, Modern, metabolism resulting in cell growth, Proteins, Expression Profiles, Immunogold Technique, CG3424, Immunohistocytochemistry, total expressed protein, Keratan, Cistrons, Cell, obesity, Fat Cells, Sialoglycosphingolipids, Concept, Metabolic Phenomena, Immunogold, Gene Expression, 3-hydroxy-, Immunogold Techniques, Metabolism Concepts, count in organism, adipose cell, Immunolabeling Technic, Genogroup, ATP synthase D chain, 5alpha)-, Expression Signatures, Protein, Gene Expression Signatures, Immunolabeling Technics, Phenomena, Obesity [Ambiguous], Obese (finding), Genetic Materials, OBESITY, secretion, simple tissue, Technics, Ganglioside, Gene Expression Signature, adipocyte, scales, (3alpha, metabolism, Expression Profile, Genetic Material, obesity disorder, Obesity (disorder), Metabolic Phenomenon, breakdown of molecule, Immunolabeling, Transcriptome Profiles, Adipocyte, multicellular organism metabolic process, Mitochondrial, Immunocytochemistry, absence, scale, biodegradation, Metabolic, Obesity NOS, ob, OB, 5 alpha-Androstan-3 alpha-ol-17-one, Androstan-17-one, Adiposity, Immunogold Silver Techniques, OBESITY NOS, patient, whole genome, Treatments, human, fat cell, Protein Gene Products, Gene Proteins, Phenotypes, Genogroups, Heparan, wide, breakdown of substance, pth, Therapeutic, Patient, Material, Fat Cell, Gene Expression Profiles, Modern Man, Gm2, Cells, Immunogold-Silver Technics, Immunolabeling Techniques, Cistron, Treatment, Signature, Fat, Proteomes, General activity, Sulfate, anon-WO0118547.271, AnabolismAdipocyte, scale tissue, human being, Man (Taxonomy), scale, Genomes, Fat Cells., plant peltate hair, peltate hair, Modern, whole genome, human, Cell, fat cell, Human, adipose cell, Homo sapiens, Fat Cell, Lipocytes, Modern Man, Cells, Lipocyte, lipocyte, scales, adipocyte, Fat, ManfalseMardinoglu2013 - Genome-scale metabolic model (HMR version 1.0) - generic human cellNo description2014-02-212005-01-012014-02-20MODEL1402200000

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