GEOapplication/xmlftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE294nnn/GSE294402/primaryOK200TranscriptomicsMus musculusExpression profiling by high throughput sequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294402GEOGSEfalseModular neuroinflammatory network discovery from large-scale phenotypic screening in genetically heterogeneous mice [part1]The central nervous system represents a uniquely immune-privileged environment, with inflammatory responses involving several resident CNS-specific cell types. While stereotyped cellular and transcriptional responses recur across varied diseases, relevant signaling pathways and regulatory networks are not fully understood. Here, we describe a screening platform based on high-throughput RNA-seq analysis and glial cell state gene set scores that enables multimodal investigation of inflammatory networks at scale. As proof-of-concept, we investigate genetically heterogeneous mice from a large-scale chemical mutagenesis screen to identify novel functionally relevant variants in six genes previously linked to human CNS disorders: Nrros, Ctsd, Smpd1, Idua, Nlrp1a, and Inpp5d . We leverage the rich and readily-interpretable data from our study to demarcate distinct inflammatory states arising from each mutation. In all, our work provides a methodology for discovering novel regulators of CNS neuroimmune homeostasis and provides a validated analysis framework for identifying discrete neuroinflammatory modules that are engaged divergently across disease contexts.2026/04/11GSE294402GSM8904392GSM8904150GSM8904151GSM8904393GSM8904390GSM8904391GSM8904158GSM8904159GSM8904156GSM8904398GSM8904157GSM8904399GSM8904154GSM8904396GSM8904397GSM8904155GSM8904394GSM8904152GSM8904395GSM8904153GSM8904381GSM8904140GSM8904382GSM8904380GSM8904389GSM8904147GSM8904148GSM8904145GSM8904387GSM8904388GSM8904146GSM8904385GSM8904143GSM8904386GSM8904144GSM8904383GSM8904141GSM8904142GSM8904384GSM8904149GSM8904172GSM8904173GSM8904170GSM8904171GSM8904178GSM8904179GSM8904176GSM8904177GSM8904174GSM8904175GSM8904161GSM8904162GSM8904160GSM8904169GSM8904167GSM8904168GSM8904165GSM8904166GSM8904163GSM8904164GSM8904590GSM8904591GSM8904114GSM8904598GSM8904356GSM8904357GSM8904115GSM8904599GSM8904354GSM8904596GSM8904112GSM8904597GSM8904355GSM8904113GSM8904594GSM8904352GSM8904110GSM8904595GSM8904111GSM8904353GSM8904592GSM8904350GSM8904351GSM8904593GSM8904118GSM8904119GSM8904116GSM8904358GSM8904117GSM8904359GSM8904580GSM8904345GSM8904103GSM8904587GSM8904346GSM8904104GSM8904588GSM8904343GSM8904585GSM8904101GSM8904102GSM8904586GSM8904344GSM8904583GSM8904341GSM8904100GSM8904584GSM8904342GSM8904581GSM8904340GSM8904582GSM8904109GSM8904349GSM8904107GSM8904108GSM8904105GSM8904589GSM8904347GSM8904348GSM8904106GSM8904370GSM8904371GSM8904136GSM8904378GSM8904137GSM8904379GSM8904134GSM8904376GSM8904377GSM8904135GSM8904374GSM8904132GSM8904375GSM8904133GSM8904372GSM8904130GSM8904131GSM8904373GSM8904138GSM8904139GSM8904360GSM8904125GSM8904367GSM8904368GSM8904126GSM8904365GSM8904123GSM8904366GSM8904124GSM8904363GSM8904121GSM8904122GSM8904364GSM8904361GSM8904120GSM8904362GSM8904129GSM8904369GSM8904127GSM8904128GSM8904554GSM8904796GSM8904312GSM8904555GSM8904313GSM8904797GSM8904552GSM8904310GSM8904794GSM8904311GSM8904795GSM8904553GSM8904792GSM8904550GSM8904793GSM8904551GSM8904790GSM8904791GSM8904318GSM8904319GSM8904558GSM8904316GSM8904317GSM8904559GSM8904314GSM8904798GSM8904556GSM8904557GSM8904315GSM8904799GSM8904543GSM8904301GSM8904785GSM8904302GSM8904786GSM8904544GSM8904783GSM8904541GSM8904300GSM8904784GSM8904542GSM8904781GSM8904540GSM8904782GSM8904780GSM8904309GSM8904549GSM8904307GSM8904308GSM8904305GSM8904789GSM8904547GSM8904306GSM8904548GSM8904303GSM8904787GSM8904545GSM8904546GSM8904304GSM8904788GSM8904334GSM8904576GSM8904577GSM8904335GSM8904574GSM8904332GSM8904575GSM8904333GSM8904572GSM8904330GSM8904331GSM8904573GSM8904570GSM8904571GSM8904338GSM8904339GSM8904578GSM8904336GSM8904337GSM8904579GSM8904323GSM8904565GSM8904566GSM8904324GSM8904563GSM8904321GSM8904564GSM8904322GSM8904561GSM8904320GSM8904562GSM8904560GSM8904329GSM8904569GSM8904327GSM8904328GSM8904325GSM8904567GSM8904326GSM8904568GSM8904752GSM8904510GSM8904511GSM8904753GSM8904750GSM8904751GSM8904518GSM8904519GSM8904758GSM8904516GSM8904517GSM8904759GSM8904514GSM8904756GSM8904515GSM8904757GSM8904512GSM8904754GSM8904755GSM8904513GSM8904741GSM8904500GSM8904742GSM8904740GSM8904749GSM8904507GSM8904508GSM8904747GSM8904505GSM8904506GSM8904748GSM8904503GSM8904745GSM8904746GSM8904504GSM8904743GSM8904501GSM8904744GSM8904502GSM8904509GSM8904532GSM8904774GSM8904775GSM8904533GSM8904772GSM8904530GSM8904531GSM8904773GSM8904770GSM8904771GSM8904538GSM8904539GSM8904778GSM8904536GSM8904537GSM8904779GSM8904534GSM8904776GSM8904535GSM8904777GSM8904763GSM8904521GSM8904764GSM8904522GSM8904761GSM8904520GSM8904762GSM8904760GSM8904529GSM8904769GSM8904527GSM8904528GSM8904767GSM8904525GSM8904526GSM8904768GSM8904523GSM8904765GSM8904766GSM8904524GSM8904716GSM8904717GSM8904714GSM8904715GSM8904712GSM8904713GSM8904710GSM8904711GSM8904718GSM8904719GSM8904705GSM8904706GSM8904703GSM8904704GSM8904701GSM8904702GSM8904700GSM8904709GSM8904707GSM8904708GSM8904730GSM8904731GSM8904738GSM8904739GSM8904736GSM8904737GSM8904734GSM8904735GSM8904732GSM8904733GSM8904720GSM8904727GSM8904728GSM8904725GSM8904726GSM8904723GSM8904724GSM8904721GSM8904722GSM8904729GSM8904914GSM8904915GSM8904912GSM8904913GSM8904910GSM8904911GSM8904918GSM8904919GSM8904916GSM8904917GSM8904903GSM8904904GSM8904901GSM8904902GSM8904900GSM8904909GSM8904907GSM8904908GSM8904905GSM8904906GSM8904925GSM8904926GSM8904923GSM8904924GSM8904921GSM8904922GSM8904920GSM8904929GSM8904927GSM8904928GSM8904073GSM8904074GSM8904071GSM8904072GSM8904070GSM8904079GSM8904077GSM8904078GSM8904075GSM8904076GSM8904062GSM8904063GSM8904060GSM8904061GSM8904068GSM8904069GSM8904066GSM8904067GSM8904064GSM8904065GSM8904095GSM8904096GSM8904093GSM8904094GSM8904091GSM8904092GSM8904090GSM8904099GSM8904097GSM8904098GSM8904084GSM8904085GSM8904082GSM8904083GSM8904080GSM8904081GSM8904088GSM8904089GSM8904086GSM8904087GSM8904271GSM8904272GSM8904030GSM8904270GSM8904037GSM8904279GSM8904038GSM8904277GSM8904035GSM8904036GSM8904278GSM8904033GSM8904275GSM8904034GSM8904276GSM8904031GSM8904273GSM8904274GSM8904032GSM8904039GSM8904260GSM8904261GSM8904268GSM8904026GSM8904269GSM8904027GSM8904266GSM8904024GSM8904025GSM8904267GSM8904022GSM8904264GSM8904265GSM8904023GSM8904262GSM8904020GSM8904263GSM8904021GSM8904028GSM8904029GSM8904051GSM8904293GSM8904294GSM8904052GSM8904291GSM8904292GSM8904050GSM8904290GSM8904059GSM8904057GSM8904299GSM8904058GSM8904297GSM8904055GSM8904056GSM8904298GSM8904053GSM8904295GSM8904054GSM8904296GSM8904282GSM8904040GSM8904283GSM8904041GSM8904280GSM8904281GSM8904048GSM8904049GSM8904288GSM8904046GSM8904289GSM8904047GSM8904286GSM8904044GSM8904045GSM8904287GSM8904042GSM8904284GSM8904285GSM8904043GSM8904470GSM8904477GSM8904235GSM8904478GSM8904236GSM8904475GSM8904233GSM8904234GSM8904476GSM8904231GSM8904473GSM8904474GSM8904232GSM8904471GSM8904472GSM8904230GSM8904239GSM8904237GSM8904479GSM8904238GSM8904466GSM8904224GSM8904225GSM8904467GSM8904222GSM8904464GSM8904223GSM8904465GSM8904220GSM8904462GSM8904463GSM8904221GSM8904460GSM8904461GSM8904228GSM8904229GSM8904468GSM8904226GSM8904469GSM8904227GSM8904491GSM8904492GSM8904250GSM8904490GSM8904257GSM8904015GSM8904499GSM8904016GSM8904258GSM8904013GSM8904497GSM8904255GSM8904014GSM8904498GSM8904256GSM8904495GSM8904011GSM8904253GSM8904254GSM8904012GSM8904496GSM8904251GSM8904493GSM8904494GSM8904252GSM8904010GSM8904019GSM8904017GSM8904259GSM8904018GSM8904480GSM8904481GSM8904246GSM8904004GSM8904488GSM8904005GSM8904489GSM8904247GSM8904002GSM8904486GSM8904244GSM8904245GSM8904003GSM8904487GSM8904242GSM8904484GSM8904000GSM8904243GSM8904001GSM8904485GSM8904240GSM8904482GSM8904483GSM8904241GSM8904008GSM8904009GSM8904248GSM8904006GSM8904249GSM8904007GSM8904675GSM8904433GSM8904434GSM8904676GSM8904431GSM8904673GSM8904432GSM8904674GSM8904671GSM8904672GSM8904430GSM8904670GSM8904439GSM8904437GSM8904679GSM8904438GSM8904677GSM8904435GSM8904678GSM8904436GSM8904664GSM8904422GSM8904423GSM8904665GSM8904420GSM8904662GSM8904663GSM8904421GSM8904660GSM8904661GSM8904428GSM8904429GSM8904426GSM8904668GSM8904669GSM8904427GSM8904666GSM8904424GSM8904667GSM8904425GSM8904690GSM8904697GSM8904455GSM8904213GSM8904698GSM8904214GSM8904456GSM8904211GSM8904695GSM8904453GSM8904454GSM8904212GSM8904696GSM8904451GSM8904693GSM8904452GSM8904210GSM8904694GSM8904691GSM8904692GSM8904450GSM8904219GSM8904217GSM8904459GSM8904218GSM8904457GSM8904215GSM8904699GSM8904458GSM8904216GSM8904202GSM8904686GSM8904444GSM8904203GSM8904687GSM8904445GSM8904200GSM8904684GSM8904442GSM8904443GSM8904201GSM8904685GSM8904440GSM8904682GSM8904683GSM8904441GSM8904680GSM8904681GSM8904208GSM8904209GSM8904448GSM8904206GSM8904449GSM8904207GSM8904446GSM8904688GSM8904204GSM8904205GSM8904689GSM8904447GSM8904873GSM8904631GSM8904632GSM8904874GSM8904871GSM8904872GSM8904630GSM8904870GSM8904639GSM8904637GSM8904879GSM8904638GSM8904635GSM8904877GSM8904878GSM8904636GSM8904875GSM8904633GSM8904876GSM8904634GSM8904620GSM8904862GSM8904621GSM8904863GSM8904860GSM8904861GSM8904628GSM8904629GSM8904626GSM8904868GSM8904869GSM8904627GSM8904866GSM8904624GSM8904867GSM8904625GSM8904864GSM8904622GSM8904623GSM8904865GSM8904411GSM8904895GSM8904653GSM8904412GSM8904896GSM8904654GSM8904893GSM8904651GSM8904652GSM8904410GSM8904894GSM8904891GSM8904892GSM8904650GSM8904890GSM8904419GSM8904417GSM8904659GSM8904418GSM8904657GSM8904415GSM8904899GSM8904658GSM8904416GSM8904655GSM8904413GSM8904897GSM8904898GSM8904414GSM8904656GSM8904400GSM8904884GSM8904642GSM8904643GSM8904401GSM8904885GSM8904640GSM8904882GSM8904641GSM8904883GSM8904880GSM8904881GSM8904408GSM8904409GSM8904406GSM8904648GSM8904649GSM8904407GSM8904646GSM8904404GSM8904888GSM8904889GSM8904647GSM8904405GSM8904886GSM8904644GSM8904402GSM8904403GSM8904887GSM8904645GSM8903982GSM8904830GSM8903983GSM8903980GSM8903981GSM8904837GSM8904838GSM8904835GSM8903988GSM8904836GSM8903989GSM8903986GSM8904833GSM8904834GSM8903987GSM8904831GSM8903984GSM8904832GSM8903985GSM8904839GSM8903971GSM8903972GSM8903970GSM8904826GSM8903979GSM8904827GSM8904824GSM8903977GSM8904825GSM8903978GSM8904822GSM8903975GSM8903976GSM8904823GSM8903973GSM8904820GSM8904821GSM8903974GSM8904828GSM8904829GSM8904851GSM8904852GSM8904610GSM8904850GSM8904617GSM8904859GSM8904618GSM8904615GSM8904857GSM8904858GSM8904616GSM8904855GSM8904613GSM8904614GSM8904856GSM8904853GSM8904611GSM8904612GSM8904854GSM8904619GSM8903993GSM8904840GSM8904841GSM8903994GSM8903991GSM8903992GSM8903990GSM8904606GSM8904848GSM8904849GSM8904607GSM8904846GSM8903999GSM8904604GSM8904847GSM8904605GSM8904844GSM8903997GSM8904602GSM8904603GSM8904845GSM8903998GSM8904600GSM8904842GSM8903995GSM8903996GSM8904843GSM8904601GSM8904608GSM8904609GSM8903946GSM8903947GSM8903944GSM8903945GSM8903942GSM8903943GSM8903940GSM8903941GSM8903948GSM8903949GSM8903935GSM8903936GSM8903933GSM8903934GSM8903931GSM8903932GSM8903930GSM8903939GSM8903937GSM8903938GSM8903960GSM8903961GSM8904815GSM8903968GSM8904816GSM8903969GSM8904813GSM8903966GSM8903967GSM8904814GSM8904811GSM8903964GSM8904812GSM8903965GSM8903962GSM8904810GSM8903963GSM8904819GSM8904817GSM8904818GSM8903950GSM8903957GSM8904804GSM8904805GSM8903958GSM8904802GSM8903955GSM8904803GSM8903956GSM8903953GSM8904800GSM8904801GSM8903954GSM8903951GSM8903952GSM8904808GSM8904809GSM8904806GSM8903959GSM8904807GSM8904194GSM8904195GSM8904192GSM8904193GSM8904190GSM8904191GSM8904198GSM8904199GSM8904196GSM8904197GSM8904183GSM8904184GSM8904181GSM8904182GSM8904180GSM8904189GSM8904187GSM8904188GSM8904185GSM890418624247294402Mus musculus