GEOapplication/xmlftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE294nnn/GSE294446/primaryOK200TranscriptomicsMus musculusExpression profiling by high throughput sequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294446GEOGSEfalseModular neuroinflammatory network discovery from large-scale phenotypic screening in genetically heterogeneous mice [part2]The central nervous system represents a uniquely immune-privileged environment, with inflammatory responses involving several resident CNS-specific cell types. While stereotyped cellular and transcriptional responses recur across varied diseases, relevant signaling pathways and regulatory networks are not fully understood. Here, we describe a screening platform based on high-throughput RNA-seq analysis and glial cell state gene set scores that enables multimodal investigation of inflammatory networks at scale. As proof-of-concept, we investigate genetically heterogeneous mice from a large-scale chemical mutagenesis screen to identify novel functionally relevant variants in six genes previously linked to human CNS disorders: Nrros, Ctsd, Smpd1, Idua, Nlrp1a, and Inpp5d . We leverage the rich and readily-interpretable data from our study to demarcate distinct inflammatory states arising from each mutation. In all, our work provides a methodology for discovering novel regulators of CNS neuroimmune homeostasis and provides a validated analysis framework for identifying discrete neuroinflammatory modules that are engaged divergently across disease contexts.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 musculus