GEOapplication/xmlftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE294nnn/GSE294465/primaryOK200TranscriptomicsMus musculusExpression profiling by high throughput sequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294465GEOGSEfalseModular neuroinflammatory network discovery from large-scale phenotypic screening in genetically heterogeneous mice [part3]The central nervous system represents a uniquely immune-privileged environment, with inflammatory responses involving several resident CNS-specific cell types. While stereotyped cellular and transcriptional responses recur across varied diseases, relevant signaling pathways and regulatory networks are not fully understood. Here, we describe a screening platform based on high-throughput RNA-seq analysis and glial cell state gene set scores that enables multimodal investigation of inflammatory networks at scale. As proof-of-concept, we investigate genetically heterogeneous mice from a large-scale chemical mutagenesis screen to identify novel functionally relevant variants in six genes previously linked to human CNS disorders: Nrros, Ctsd, Smpd1, Idua, Nlrp1a, and Inpp5d . We leverage the rich and readily-interpretable data from our study to demarcate distinct inflammatory states arising from each mutation. In all, our work provides a methodology for discovering novel regulators of CNS neuroimmune homeostasis and provides a validated analysis framework for identifying discrete neuroinflammatory modules that are engaged divergently across disease contexts.2026/04/11GSE294465GSM8907420GSM8907421GSM8907422GSM8907423GSM8907424GSM8907425GSM8907426GSM8907427GSM8907428GSM8907429GSM8907410GSM8907411GSM8907412GSM8907413GSM8907414GSM8907415GSM8907416GSM8907417GSM8907418GSM8907419GSM8907441GSM8907442GSM8907200GSM8907201GSM8907443GSM8907444GSM8907202GSM8907445GSM8907203GSM8907204GSM8907446GSM8907447GSM8907205GSM8907448GSM8907206GSM8907440GSM8907207GSM8907449GSM8907208GSM8907209GSM8907430GSM8907431GSM8907432GSM8907433GSM8907434GSM8907435GSM8907436GSM8907437GSM8907438GSM8907439GSM8906777GSM8906776GSM8906775GSM8906774GSM8906773GSM8906772GSM8906771GSM8906770GSM8906779GSM8906778GSM8906766GSM8906765GSM8906764GSM8906763GSM8906762GSM8906761GSM8906760GSM8906769GSM8906768GSM8906767GSM8906791GSM8906790GSM8907400GSM8907401GSM8907402GSM8907403GSM8907404GSM8906799GSM8906798GSM8906797GSM8906796GSM8906795GSM8906794GSM8906793GSM8906792GSM8907405GSM8907406GSM8907407GSM8907408GSM8907409GSM8906780GSM8906788GSM8906787GSM8906786GSM8906785GSM8906784GSM8906783GSM8906782GSM8906781GSM8906789GSM8906975GSM8906733GSM8906732GSM8906974GSM8906731GSM8906973GSM8906972GSM8906730GSM8906971GSM8906970GSM8906739GSM8906738GSM8906737GSM8906979GSM8906978GSM8906736GSM8906735GSM8906977GSM8906734GSM8906976GSM8906964GSM8906722GSM8906963GSM8906721GSM8906720GSM8906962GSM8906961GSM8906960GSM8906729GSM8906728GSM8906969GSM8906727GSM8906726GSM8906968GSM8906967GSM8906725GSM8906966GSM8906724GSM8906723GSM8906965GSM8907600GSM8907601GSM8906755GSM8906997GSM8906754GSM8906996GSM8906995GSM8906753GSM8906752GSM8906994GSM8906751GSM8906993GSM8906992GSM8906750GSM8906991GSM8906990GSM8906759GSM8906758GSM8906757GSM8906999GSM8906998GSM8906756GSM8906986GSM8906744GSM8906743GSM8906985GSM8906984GSM8906742GSM8906983GSM8906741GSM8906740GSM8906982GSM8906981GSM8906980GSM8906749GSM8906748GSM8906989GSM8906747GSM8906746GSM8906988GSM8906987GSM8906745GSM8906931GSM8906930GSM8906939GSM8906938GSM8906937GSM8906936GSM8906935GSM8906934GSM8906933GSM8906932GSM8906920GSM8906928GSM8906927GSM8906926GSM8906925GSM8906924GSM8906923GSM8906922GSM8906921GSM8906929GSM8906711GSM8906953GSM8906952GSM8906710GSM8906951GSM8906950GSM8906719GSM8906718GSM8906717GSM8906959GSM8906958GSM8906716GSM8906957GSM8906715GSM8906714GSM8906956GSM8906955GSM8906713GSM8906712GSM8906954GSM8906700GSM8906942GSM8906941GSM8906940GSM8906708GSM8906949GSM8906707GSM8906706GSM8906948GSM8906947GSM8906705GSM8906946GSM8906704GSM8906703GSM8906945GSM8906944GSM8906702GSM8906943GSM8906701GSM8906709GSM8906917GSM8906916GSM8906915GSM8906914GSM8906913GSM8906912GSM8906911GSM8906910GSM8906919GSM8906918GSM8906906GSM8906905GSM8906904GSM8906903GSM8906902GSM8906901GSM8906900GSM8906909GSM8906908GSM8906907GSM8907188GSM8907189GSM8907180GSM8907181GSM8907182GSM8907183GSM8907184GSM8907185GSM8907186GSM8907187GSM8907190GSM8907177GSM8907178GSM8907179GSM8907170GSM8907171GSM8907172GSM8907173GSM8907174GSM8907175GSM8907176GSM8907199GSM8907191GSM8907192GSM8907193GSM8907194GSM8907195GSM8907196GSM8907197GSM8907198GSM8907144GSM8907386GSM8907387GSM8907145GSM8907146GSM8907388GSM8907147GSM8907389GSM8907148GSM8907149GSM8907380GSM8907381GSM8907382GSM8907140GSM8907141GSM8907383GSM8907384GSM8907142GSM8907385GSM8907143GSM8907375GSM8907133GSM8907376GSM8907134GSM8907135GSM8907377GSM8907378GSM8907136GSM8907379GSM8907137GSM8907138GSM8907139GSM8907370GSM8907371GSM8907130GSM8907372GSM8907373GSM8907131GSM8907132GSM8907374GSM8907166GSM8907167GSM8907168GSM8907169GSM8907160GSM8907161GSM8907162GSM8907163GSM8907164GSM8907165GSM8907155GSM8907397GSM8907398GSM8907156GSM8907399GSM8907157GSM8907158GSM8907159GSM8907390GSM8907391GSM8907150GSM8907392GSM8907393GSM8907151GSM8907152GSM8907394GSM8907395GSM8907153GSM8907396GSM8907154GSM8907584GSM8907342GSM8907100GSM8907101GSM8907585GSM8907343GSM8907344GSM8907102GSM8907586GSM8907587GSM8907103GSM8907345GSM8907104GSM8907588GSM8907346GSM8907347GSM8907105GSM8907589GSM8907106GSM8907348GSM8907107GSM8907349GSM8907580GSM8907581GSM8907582GSM8907340GSM8907341GSM8907583GSM8907108GSM8907109GSM8907573GSM8907331GSM8907332GSM8907574GSM8907333GSM8907575GSM8907576GSM8907334GSM8907335GSM8907577GSM8907336GSM8907578GSM8907579GSM8907337GSM8907338GSM8907570GSM8907571GSM8907330GSM8907572GSM8907339GSM8907364GSM8907122GSM8907365GSM8907123GSM8907124GSM8907366GSM8907367GSM8907125GSM8907126GSM8907368GSM8907127GSM8907369GSM8907128GSM8907129GSM8907360GSM8907361GSM8907362GSM8907120GSM8907121GSM8907363GSM8907353GSM8907111GSM8907595GSM8907596GSM8907112GSM8907354GSM8907355GSM8907113GSM8907597GSM8907356GSM8907114GSM8907598GSM8907115GSM8907599GSM8907357GSM8907358GSM8907116GSM8907359GSM8907117GSM8907118GSM8907590GSM8907591GSM8907350GSM8907592GSM8907593GSM8907351GSM8907110GSM8907594GSM8907352GSM8907119GSM8906692GSM8907540GSM8906691GSM8907541GSM8907542GSM8906690GSM8907300GSM8907301GSM8907543GSM8907544GSM8907302GSM8907545GSM8907303GSM8907304GSM8907546GSM8907547GSM8907305GSM8906699GSM8906698GSM8906697GSM8906696GSM8906695GSM8906694GSM8906693GSM8907548GSM8907306GSM8907307GSM8907549GSM8907308GSM8907309GSM8906681GSM8907530GSM8906680GSM8907531GSM8907532GSM8907533GSM8907534GSM8907535GSM8907536GSM8906689GSM8906688GSM8906687GSM8906686GSM8906685GSM8906684GSM8906683GSM8906682GSM8907537GSM8907538GSM8907539GSM8907562GSM8907320GSM8907321GSM8907563GSM8907564GSM8907322GSM8907565GSM8907323GSM8907324GSM8907566GSM8907567GSM8907325GSM8907568GSM8907326GSM8907327GSM8907569GSM8907560GSM8907561GSM8907328GSM8907329GSM8907551GSM8907310GSM8907552GSM8907553GSM8907311GSM8907312GSM8907554GSM8907313GSM8907555GSM8907556GSM8907314GSM8907315GSM8907557GSM8907316GSM8907558GSM8907550GSM8907559GSM8907317GSM8907318GSM8907319GSM8906890GSM8907500GSM8907501GSM8907502GSM8907503GSM8906898GSM8906656GSM8906897GSM8906655GSM8906654GSM8906896GSM8906895GSM8906653GSM8906652GSM8906894GSM8906651GSM8906893GSM8906892GSM8906650GSM8906891GSM8906659GSM8906658GSM8906657GSM8906899GSM8907504GSM8907505GSM8907506GSM8907507GSM8907508GSM8907509GSM8906645GSM8906887GSM8906886GSM8906644GSM8906643GSM8906885GSM8906884GSM8906642GSM8906883GSM8906641GSM8906640GSM8906882GSM8906881GSM8906880GSM8906649GSM8906648GSM8906889GSM8906647GSM8906646GSM8906888GSM8906670GSM8907520GSM8907521GSM8907522GSM8907523GSM8907524GSM8907525GSM8906678GSM8906677GSM8906676GSM8906675GSM8906674GSM8906673GSM8906672GSM8906671GSM8906679GSM8907526GSM8907527GSM8907528GSM8907529GSM8907510GSM8907511GSM8907512GSM8907513GSM8907514GSM8906667GSM8906666GSM8906665GSM8906664GSM8906663GSM8906662GSM8906661GSM8906660GSM8906669GSM8906668GSM8907515GSM8907516GSM8907517GSM8907518GSM8907519GSM8906854GSM8906612GSM8906611GSM8906853GSM8906852GSM8906610GSM8906851GSM8906850GSM8906619GSM8906618GSM8906617GSM8906859GSM8906858GSM8906616GSM8906857GSM8906615GSM8906614GSM8906856GSM8906855GSM8906613GSM8906843GSM8906842GSM8906841GSM8906840GSM8906609GSM8906608GSM8906849GSM8906607GSM8906606GSM8906848GSM8906605GSM8906847GSM8906846GSM8906604GSM8906603GSM8906845GSM8906844GSM8906602GSM8906634GSM8906876GSM8906875GSM8906633GSM8906874GSM8906632GSM8906631GSM8906873GSM8906872GSM8906630GSM8906871GSM8906870GSM8906639GSM8906638GSM8906637GSM8906879GSM8906878GSM8906636GSM8906877GSM8906635GSM8906623GSM8906865GSM8906864GSM8906622GSM8906863GSM8906621GSM8906620GSM8906862GSM8906861GSM8906860GSM8906629GSM8906628GSM8906869GSM8906627GSM8906626GSM8906868GSM8906625GSM8906867GSM8906866GSM8906624GSM8906810GSM8906818GSM8906817GSM8906816GSM8906815GSM8906814GSM8906813GSM8906812GSM8906811GSM8906819GSM8906807GSM8906806GSM8906805GSM8906804GSM8906803GSM8906802GSM8906801GSM8906800GSM8906809GSM8906808GSM8906832GSM8906831GSM8906830GSM8906839GSM8906838GSM8906837GSM8906836GSM8906835GSM8906834GSM8906833GSM8906821GSM8906820GSM8906829GSM8906828GSM8906827GSM8906826GSM8906825GSM8906824GSM8906823GSM8906822GSM8907092GSM8907093GSM8907094GSM8907095GSM8907096GSM8907097GSM8907098GSM8907099GSM8907067GSM8907068GSM8907069GSM8907060GSM8907061GSM8907062GSM8907063GSM8907064GSM8907065GSM8907066GSM8907298GSM8907056GSM8907299GSM8907057GSM8907058GSM8907059GSM8907290GSM8907291GSM8907292GSM8907050GSM8907293GSM8907051GSM8907052GSM8907294GSM8907295GSM8907053GSM8907296GSM8907054GSM8907055GSM8907297GSM8907089GSM8907081GSM8907082GSM8907083GSM8907084GSM8907085GSM8907086GSM8907087GSM8907088GSM8907090GSM8907091GSM8907078GSM8907079GSM8907070GSM8907071GSM8907072GSM8907073GSM8907074GSM8907075GSM8907076GSM8907077GSM8907080GSM8907023GSM8907265GSM8907024GSM8907266GSM8907267GSM8907025GSM8907026GSM8907268GSM8907027GSM8907269GSM8907028GSM8907029GSM8907260GSM8907261GSM8907020GSM8907262GSM8907021GSM8907263GSM8907264GSM8907022GSM8907012GSM8907496GSM8907254GSM8907255GSM8907013GSM8907497GSM8907256GSM8907498GSM8907014GSM8907499GSM8907015GSM8907257GSM8907258GSM8907016GSM8907259GSM8907017GSM8907018GSM8907019GSM8907490GSM8907491GSM8907250GSM8907492GSM8907493GSM8907251GSM8907252GSM8907010GSM8907494GSM8907253GSM8907011GSM8907495GSM8907287GSM8907045GSM8907046GSM8907288GSM8907047GSM8907289GSM8907048GSM8907049GSM8907280GSM8907281GSM8907282GSM8907040GSM8907041GSM8907283GSM8907284GSM8907042GSM8907043GSM8907285GSM8907044GSM8907286GSM8907276GSM8907034GSM8907035GSM8907277GSM8907278GSM8907036GSM8907279GSM8907037GSM8907038GSM8907039GSM8907270GSM8907271GSM8907272GSM8907030GSM8907273GSM8907031GSM8907032GSM8907274GSM8907275GSM8907033GSM8907221GSM8907463GSM8907464GSM8907222GSM8907465GSM8907223GSM8907224GSM8907466GSM8907467GSM8907225GSM8907468GSM8907226GSM8907227GSM8907469GSM8907228GSM8907460GSM8907461GSM8907462GSM8907220GSM8907229GSM8907210GSM8907452GSM8907453GSM8907211GSM8907212GSM8907454GSM8907213GSM8907455GSM8907456GSM8907214GSM8907215GSM8907457GSM8907458GSM8907216GSM8907459GSM8907217GSM8907450GSM8907451GSM8907218GSM8907219GSM8907001GSM8907485GSM8907243GSM8907244GSM8907002GSM8907486GSM8907003GSM8907487GSM8907245GSM8907004GSM8907488GSM8907246GSM8907247GSM8907489GSM8907005GSM8907006GSM8907248GSM8907249GSM8907007GSM8907008GSM8907480GSM8907481GSM8907482GSM8907240GSM8907241GSM8907483GSM8907000GSM8907484GSM8907242GSM8907009GSM8907232GSM8907474GSM8907233GSM8907475GSM8907476GSM8907234GSM8907235GSM8907477GSM8907478GSM8907236GSM8907479GSM8907237GSM8907238GSM8907239GSM8907470GSM8907471GSM8907230GSM8907472GSM8907473GSM890723124247294465Mus musculus