GEOapplication/xmlftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE294nnn/GSE294936/primaryOK200TranscriptomicsMus musculusExpression profiling by high throughput sequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294936GEOGSEfalseModular neuroinflammatory network discovery from large-scale phenotypic screening in genetically heterogeneous mice [part16]The central nervous system represents a uniquely immune-privileged environment, with inflammatory responses involving several resident CNS-specific cell types. While stereotyped cellular and transcriptional responses recur across varied diseases, relevant signaling pathways and regulatory networks are not fully understood. Here, we describe a screening platform based on high-throughput RNA-seq analysis and glial cell state gene set scores that enables multimodal investigation of inflammatory networks at scale. As proof-of-concept, we investigate genetically heterogeneous mice from a large-scale chemical mutagenesis screen to identify novel functionally relevant variants in six genes previously linked to human CNS disorders: Nrros, Ctsd, Smpd1, Idua, Nlrp1a, and Inpp5d . We leverage the rich and readily-interpretable data from our study to demarcate distinct inflammatory states arising from each mutation. In all, our work provides a methodology for discovering novel regulators of CNS neuroimmune homeostasis and provides a validated analysis framework for identifying discrete neuroinflammatory modules that are engaged divergently across disease contexts.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 musculus