GEOapplication/xmlftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE294nnn/GSE294958/primaryOK200TranscriptomicsMus musculusExpression profiling by high throughput sequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294958GEOGSEfalseModular neuroinflammatory network discovery from large-scale phenotypic screening in genetically heterogeneous mice [part17]The central nervous system represents a uniquely immune-privileged environment, with inflammatory responses involving several resident CNS-specific cell types. While stereotyped cellular and transcriptional responses recur across varied diseases, relevant signaling pathways and regulatory networks are not fully understood. Here, we describe a screening platform based on high-throughput RNA-seq analysis and glial cell state gene set scores that enables multimodal investigation of inflammatory networks at scale. As proof-of-concept, we investigate genetically heterogeneous mice from a large-scale chemical mutagenesis screen to identify novel functionally relevant variants in six genes previously linked to human CNS disorders: Nrros, Ctsd, Smpd1, Idua, Nlrp1a, and Inpp5d . We leverage the rich and readily-interpretable data from our study to demarcate distinct inflammatory states arising from each mutation. In all, our work provides a methodology for discovering novel regulators of CNS neuroimmune homeostasis and provides a validated analysis framework for identifying discrete neuroinflammatory modules that are engaged divergently across disease contexts.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 musculus