GEOapplication/xmlftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE294nnn/GSE294992/primaryOK200TranscriptomicsMus musculusExpression profiling by high throughput sequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294992GEOGSEfalseModular neuroinflammatory network discovery from large-scale phenotypic screening in genetically heterogeneous mice [part22]The central nervous system represents a uniquely immune-privileged environment, with inflammatory responses involving several resident CNS-specific cell types. While stereotyped cellular and transcriptional responses recur across varied diseases, relevant signaling pathways and regulatory networks are not fully understood. Here, we describe a screening platform based on high-throughput RNA-seq analysis and glial cell state gene set scores that enables multimodal investigation of inflammatory networks at scale. As proof-of-concept, we investigate genetically heterogeneous mice from a large-scale chemical mutagenesis screen to identify novel functionally relevant variants in six genes previously linked to human CNS disorders: Nrros, Ctsd, Smpd1, Idua, Nlrp1a, and Inpp5d . We leverage the rich and readily-interpretable data from our study to demarcate distinct inflammatory states arising from each mutation. In all, our work provides a methodology for discovering novel regulators of CNS neuroimmune homeostasis and provides a validated analysis framework for identifying discrete neuroinflammatory modules that are engaged divergently across disease contexts.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 musculus