GEOapplication/xmlftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE294nnn/GSE294994/primaryOK200TranscriptomicsMus musculusExpression profiling by high throughput sequencinghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294994GEOGSEfalseModular neuroinflammatory network discovery from large-scale phenotypic screening in genetically heterogeneous mice [part23]The central nervous system represents a uniquely immune-privileged environment, with inflammatory responses involving several resident CNS-specific cell types. While stereotyped cellular and transcriptional responses recur across varied diseases, relevant signaling pathways and regulatory networks are not fully understood. Here, we describe a screening platform based on high-throughput RNA-seq analysis and glial cell state gene set scores that enables multimodal investigation of inflammatory networks at scale. As proof-of-concept, we investigate genetically heterogeneous mice from a large-scale chemical mutagenesis screen to identify novel functionally relevant variants in six genes previously linked to human CNS disorders: Nrros, Ctsd, Smpd1, Idua, Nlrp1a, and Inpp5d . We leverage the rich and readily-interpretable data from our study to demarcate distinct inflammatory states arising from each mutation. In all, our work provides a methodology for discovering novel regulators of CNS neuroimmune homeostasis and provides a validated analysis framework for identifying discrete neuroinflammatory modules that are engaged divergently across disease contexts.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 musculus