{"database":"PAXDB","file_versions":[{"headers":{"Content-Type":["application/json"]},"body":{"files":{"Other":["http://pax-db.org/downloads/latest/datasets/bioprojects-abundance-files-v4.0.zip"]},"type":"primary"},"statusCode":"OK","statusCodeValue":200}],"scores":{"citationCount":0,"reanalysisCount":0,"viewCount":0,"searchCount":0},"additional":{"omics_type":["Proteomics"],"submitter":["Christian von Mering"],"species":["29760"],"full_dataset_link":["https://pax-db.org/dataset/29760/1323817045"],"submitter_email":["mering@imls.uzh.ch"],"submitter_affiliation":["University of Zurich"],"sample_protocol":[""],"repository":["PAXDB"],"data_protocol":["For the rescaling, the\ndatasets are first parsed or processed such that the data reflect\nproportional abundances of whole protein molecules\n(i.e. proportionality to counts of complete, individual protein\nmolecules, not to molecular weights, protein volumes, or digested\npeptides). In the case of spectral counting data protein. The proportional abundances are rescaled linearly to add up\nto one million; this means the abundance of each protein of\ninterest is finally expressed in (parts per million,) relative to\nall other proteins in a sample. \nFor a given protein abundance dataset, we then compute\nthe absolute log abundance ratios of all pairs of proteins\nannotated to be functionally linked. The median of these absolute\nlog abundance ratios represents an indirect quality\nmetric: the closer it is to zero, the better (i.e. the more there\nis consistency between abundance values and functional annotations\nsuch as protein complexes or pathways). We then\ncompute a background expectation for this metric, by permuting\nthe abundance values in a given dataset randomly,\nand recomputing the median log abundance ratios. The permutation\nis repeated several times, yielding a distribution of\nmedians. The actually observed median is then expressed as a\nZ-score distance to the random distribution ofmedians—this\ndistance is termed the interaction consistency score."],"pubmed_abstract":["<h4>Background</h4>Cabernet Sauvignon grapevines were exposed to a progressive, increasing water defict over 16 days. Shoot elongation and photosynthesis were measured for physiological responses to water deficit. The effect of water deficit over time on the abundance of individual proteins in growing shoot tips (including four immature leaves) was analyzed using nanoflow liquid chromatography - tandem mass spectrometry (nanoLC-MS/MS).<h4>Results</h4>Water deficit progressively decreased shoot elongation, stomatal conductance and photosynthesis after Day 4; 2277 proteins were identified by shotgun proteomics with an average CV of 9% for the protein abundance of all proteins. There were 472 out of 942 (50%) proteins found in all samples that were significantly affected by water deficit. The 472 proteins were clustered into four groups: increased and decreased abundance of early- and late-responding protein profiles. Vines sensed the water deficit early, appearing to acclimate to stress, because the abundance of many proteins changed before decreases in shoot elongation, stomatal conductance and photosynthesis. Predominant functional categories of the early-responding proteins included photosynthesis, glycolysis, translation, antioxidant defense and growth-related categories (steroid metabolism and water transport), whereas additional proteins for late-responding proteins were largely involved with transport, photorespiration, antioxidants, amino acid and carbohydrate metabolism.<h4>Conclusions</h4>Proteomic responses to water deficit were dynamic with early, significant changes in abundance of proteins involved in translation, energy, antioxidant defense and steroid metabolism. The abundance of these proteins changed prior to any detectable decreases in shoot elongation, stomatal conductance or photosynthesis. Many of these early-responding proteins are known to be regulated by post-transcriptional modifications such as phosphorylation. The proteomics analysis indicates massive and substantial changes in plant metabolism that appear to funnel carbon and energy into antioxidant defenses in the very early stages of plant response to water deficit before any significant injury."],"pubmed_title":["Proteomic analysis indicates massive changes in metabolism prior to the inhibition of growth and photosynthesis of grapevine (Vitis vinifera L.) in response to water deficit."],"pubmed_authors":["Cramer Grant R GR, Van Sluyter Steve C SC, Hopper Daniel W DW, Pascovici Dana D, Keighley Tim T, Haynes Paul A PA"],"data_synonyms":["Add, DmelCG43443, ADD, ADD-87, Hts-RC, data, AU023367, Data Set, protein complex, supply, Proteins, Ovhts, Gene, HtsRC, CG9325, protein, neutral molecular compounds, protein-containing complex, Dmel_CG9325, Xt, Peptide, 1B1, add, Polypeptides, anon-EST:Posey9, protein polypeptide chains, native protein, peptido, htsRC, GLI3-190, natural protein, polypeptide chain, Add-hts, Protein, CG43443, Gene Products, 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