PAXDBapplication/xmlhttp://pax-db.org/downloads/latest/datasets/bioprojects-abundance-files-v4.0.zipprimaryOK2000000ProteomicsChristian von Mering9606https://pax-db.org/dataset/9606/1764260179mering@imls.uzh.chUniversity of ZurichPAXDBFor the rescaling, the datasets are first parsed or processed such that the data reflect proportional abundances of whole protein molecules (i.e. proportionality to counts of complete, individual protein molecules, not to molecular weights, protein volumes, or digested peptides). In the case of spectral counting data protein. The proportional abundances are rescaled linearly to add up to one million; this means the abundance of each protein of interest is finally expressed in (parts per million,) relative to all other proteins in a sample. For a given protein abundance dataset, we then compute the absolute log abundance ratios of all pairs of proteins annotated to be functionally linked. The median of these absolute log abundance ratios represents an indirect quality metric: the closer it is to zero, the better (i.e. the more there is consistency between abundance values and functional annotations such as protein complexes or pathways). We then compute a background expectation for this metric, by permuting the abundance values in a given dataset randomly, and recomputing the median log abundance ratios. The permutation is repeated several times, yielding a distribution of medians. The actually observed median is then expressed as a Z-score distance to the random distribution ofmedians—this distance is termed the interaction consistency score.Genome-, transcriptome- and proteome-wide measurements provide insights into how biological systems are regulated. However, fundamental aspects relating to which human proteins exist, where they are expressed and in which quantities are not fully understood. Therefore, we generated a quantitative proteome and transcriptome abundance atlas of 29 paired healthy human tissues from the Human Protein Atlas project representing human genes by 18,072 transcripts and 13,640 proteins including 37 without prior protein-level evidence. The analysis revealed that hundreds of proteins, particularly in testis, could not be detected even for highly expressed mRNAs, that few proteins show tissue-specific expression, that strong differences between mRNA and protein quantities within and across tissues exist and that protein expression is often more stable across tissues than that of transcripts. Only 238 of 9,848 amino acid variants found by exome sequencing could be confidently detected at the protein level showing that proteogenomics remains challenging, needs better computational methods and requires rigorous validation. Many uses of this resource can be envisaged including the study of gene/protein expression regulation and biomarker specificity evaluation.A deep proteome and transcriptome abundance atlas of 29 healthy human tissues.Wang Dongxue D, Eraslan Basak B, Wieland Thomas T, Hallström Björn B, Hopf Thomas T, Zolg Daniel Paul DP, Zecha Jana J, Asplund Anna A, Li Li-Hua LH, Meng Chen C, Frejno Martin M, Schmidt Tobias T, Schnatbaum Karsten K, Wilhelm Mathias M, Ponten Frederik F, Uhlen Mathias M, Gagneur Julien J, Hahne Hannes H, Kuster Bernhard BAdd, DmelCG43443, ADD, ADD-87, Hts-RC, data, AU023367, Data Set, protein complex, supply, Proteins, Ovhts, Gene, HtsRC, CG9325, protein, neutral molecular compounds, protein-containing complex, Dmel_CG9325, Xt, Peptide, 1B1, add, Polypeptides, anon-EST:Posey9, protein polypeptide chains, native protein, peptido, htsRC, GLI3-190, natural protein, polypeptide chain, Add-hts, Protein, CG43443, Gene Products, l(2)k14523, Dmel_CG34197, l(2)00634, median, Ovhts-RC, background, supply and distribution, protein aggregate, all_pairs, molecule, Bph, molecula, Random selection by shearing, oligonucleotide random primer, proportion, HTS-R1, HTS, Hts, molecules, peptides, l(2)k06121, adducin, GLI3FL, distribution, AI854843, proportionality, add-like, HTS-RC, rate, proteins, Molekuel, Pdn, sample population, introduction, Protein Gene Products, Gene Proteins, Adducin, RANDOM, 10^[-6], ppm, sample, supply., quotient, Peptid, peptidos, Polypeptide, Attention Deficit Hyperactivity Disorder, l(2)01103, EST D, CG34197, HtsF, ratioTranscriptome, human being, Man (Taxonomy), Transcriptome Profile, Tissue., Profile, C1, Modern, Expression Profiles, total expressed protein, Gene Expression Profile, Gene, Profiles, man, Signatures, human, Atlases, Human, whole transcriptome, Gene Expression, Homo sapiens, Expression Signature, Gene Expression Profiles, Expression Signatures, Modern Man, Gene Expression Signatures, Transcriptomes, Gene Expression Signature, Signature, Expression Profile, Proteomes, Man, Transcriptome Profilesupper intestine, anterior intestine, proximal intestine, intestinum duodenum, dodecadactylon, Duodenums.Biological Markers, Viral Marker, Materials, Surrogate Endpoints, determination, testicle, Laboratory, Aminosaeure, Biochemical, Gene Expression Profile, Amino acid, Endpoint, Profiles, protein, sci, Serum, Social Controls, protein polypeptide chains, Techniques, Laboratory Markers, Method, Biological, gonad of male genitalia, HOW, How, 10.5, Whole Transcriptome, Transcriptome Sequencing, Analysis, protein aggregate, Non Polyadenylated, Formal Social Controls, l(3)j5D5, 10.9, 24B, portion of tissue, strong, F, amino acids, Man (Taxonomy), Genomes, DmelCG2328, Testicle, C1, Polyadenylated Messenger, Complete Exome Sequencing, Whole Transcriptome Sequencing, Tissue, stru, proteins, V, l(3)S053606, procedures, CG10293, Signatures, paired, Social, l(3)j5B5, Immune, Markers, Methodological Studies, Proteogenomic, Expression Signature, Viral Markers, Transcriptomes, 0904/17, Viral, wide/broad, Surrogate Endpoint, Polyadenylated, Aminokarbonsaeure, Modern, Expression Profiles, Exome, Biochemical Markers, Procedure, Biologic Marker, alpha-amino carboxylic acids, Gene Expression, SZ1, Marker, Expression Signatures, tissue portion, Genetic Materials, VI, simple tissue, Expression Profile, Genetic Material, Transcriptome Profiles, Polyadenylated Messenger RNA, Amino Acid, Acid, Complete Transcriptome, 20.35, Non Polyadenylated mRNA, protein_coding_transcript, Amino acids, End Points, Proteogenomic Analysis, Control, male gonad, INSDC_feature:gene, whole genome, Methodological, Immunologic, Controls, Laboratory Marker, Methodological Study, human, Non-Polyadenylated mRNA, Atlases, wide, Material, Biochemical Marker, Testicles, Whole Exome Sequencing, eve2, anon-EST:Liang-2.39, Cistron, Acids, Transcriptome Sequencings, Regulation, Proteomes, Poly(A) RNA, CG2328, 14.10, Regulations, human being, Procedures, Transcriptome Profile, Complete Exome, Clinical Markers, Researchs, P62, Clinical Marker, number, Aminocarbonsaeure, Proteogenomic Profiling, Gene, broad, alpha-amino acid, protein-containing complex, presence, Human, Surrogate End Points, gonad of male reproductive system, Surrogate Markers, Homo sapiens, polypeptide chain, resilient, Messenger, tough, Gene Products, Studies, even, testiculus, Man, Technique, study, Biomarker, WES, Complete, Exome Sequencings, l(3)s2612, Genetic, Clinical, Research, Profile, Biological Marker, messenger RNA, man, Sequencing, Study, template RNA, Whole Exome, Immunologic Markers, orchis, Whole, DmelCG10293, biological marker, testes, Immunologic Marker, Biologic, Profiling, RNA, Transcriptome, Complete Exome Sequencings, Formal Social Control, Immune Markers., clone 2.39, protein complex, Proteins, Serum Markers, total expressed protein, Messenger RNA, End Point, alpha-amino acids, qkr, l(3)S090417, Cistrons, Immune Marker, whole transcriptome, count in organism, Exome Sequencing, native protein, natural protein, Social Control, Surrogate End Point, Poly(A)+ mRNA, KH93F, Gene Expression Signatures, Protein, chemical analysis, INSDC_feature:mRNA, Proteogenomic Research, Gene Expression Signature, Eve, EVE, Polyadenylated RNA, techniques, who, Biologic Markers, Poly(A)+ RNA, Serum Marker, Complete Transcriptome Sequencing, mRNA, Poly(A) Tail, Surrogate, Endpoints, Non-Polyadenylated, l(2)46Ce, Who/How, Amino, l(2)46Cg, Surrogate Marker, Protein Gene Products, l(2)46CFj, Gene Proteins, l(2)46CFh, l(2)46CFp, Gene Expression Profiles, Modern Man, qkr[93F], regulation, assay, Signature, E(eve), Polyadenylated mRNA, Testes, l(2)46CFg, methodology0falseH.sapiens - Duodenum, SC (Wangetal,molsystbiol2019)abundance based on Spectral counting, Interaction consistency score: 18.6, Coverage: 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