{"database":"PAXDB","file_versions":[{"headers":{"Content-Type":["application/json"]},"body":{"files":{"Other":["http://pax-db.org/downloads/latest/datasets/bioprojects-abundance-files-v4.0.zip"]},"type":"primary"},"statusCode":"OK","statusCodeValue":200}],"scores":{"citationCount":0,"reanalysisCount":0,"viewCount":0,"searchCount":0},"additional":{"omics_type":["Proteomics"],"submitter":["Christian von Mering"],"species":["3880"],"full_dataset_link":["https://pax-db.org/dataset/3880/2102073507"],"submitter_email":["mering@imls.uzh.ch"],"submitter_affiliation":["University of Zurich"],"sample_protocol":[""],"repository":["PAXDB"],"data_protocol":["For the rescaling, the\ndatasets are first parsed or processed such that the data reflect\nproportional abundances of whole protein molecules\n(i.e. proportionality to counts of complete, individual protein\nmolecules, not to molecular weights, protein volumes, or digested\npeptides). In the case of spectral counting data protein. The proportional abundances are rescaled linearly to add up\nto one million; this means the abundance of each protein of\ninterest is finally expressed in (parts per million,) relative to\nall other proteins in a sample. \nFor a given protein abundance dataset, we then compute\nthe absolute log abundance ratios of all pairs of proteins\nannotated to be functionally linked. The median of these absolute\nlog abundance ratios represents an indirect quality\nmetric: the closer it is to zero, the better (i.e. the more there\nis consistency between abundance values and functional annotations\nsuch as protein complexes or pathways). We then\ncompute a background expectation for this metric, by permuting\nthe abundance values in a given dataset randomly,\nand recomputing the median log abundance ratios. The permutation\nis repeated several times, yielding a distribution of\nmedians. The actually observed median is then expressed as a\nZ-score distance to the random distribution ofmedians—this\ndistance is termed the interaction consistency score."],"pubmed_abstract":["Legumes are essential components of agricultural systems because they enrich the soil in nitrogen and require little environmentally deleterious fertilizers. A complex symbiotic association between legumes and nitrogen-fixing soil bacteria called rhizobia culminates in the development of root nodules, where rhizobia fix atmospheric nitrogen and transfer it to their plant host. Here we describe a quantitative proteomic atlas of the model legume Medicago truncatula and its rhizobial symbiont Sinorhizobium meliloti, which includes more than 23,000 proteins, 20,000 phosphorylation sites, and 700 lysine acetylation sites. Our analysis provides insight into mechanisms regulating symbiosis. We identify a calmodulin-binding protein as a key regulator in the host and assign putative roles and targets to host factors (bioactive peptides) that control gene expression in the symbiont. Further mining of this proteomic resource may enable engineering of crops and their microbial partners to increase agricultural productivity and sustainability."],"pubmed_title":["A proteomic atlas of the legume Medicago truncatula and its nitrogen-fixing endosymbiont Sinorhizobium meliloti."],"pubmed_authors":["Marx Harald H, Minogue Catherine E CE, Jayaraman Dhileepkumar D, Richards Alicia L AL, Kwiecien Nicholas W NW, Siahpirani Alireza F AF, Rajasekar Shanmugam S, Maeda Junko J, Garcia Kevin K, Del Valle-Echevarria Angel R AR, Volkening Jeremy D JD, Westphall Michael S MS, Roy Sushmita S, Sussman Michael R MR, Ané Jean-Michel JM, Coon Joshua J JJ"],"data_synonyms":["Add, DmelCG43443, ADD, ADD-87, Hts-RC, data, AU023367, Data Set, protein complex, supply, Proteins, Ovhts, Gene, HtsRC, CG9325, protein, neutral molecular compounds, protein-containing complex, Dmel_CG9325, Xt, Peptide, 1B1, add, Polypeptides, anon-EST:Posey9, protein polypeptide chains, native protein, peptido, htsRC, 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Activator, proteins, Activating Factor, Expressions, Monera, Bacteria Woese et al. 2024, Phosphodiesterase Protein, Bacteria (ex Cavalier-Smith 1987), Commensalism, preventive measures, Bovine, LYS, Bacteria <bacteria>, IKK, Prokaryotae, climbing root (narrow), CAMC, Lysin, Soils, Calcium-Dependent Activator, peptidos, Procaryotae, fungi, barrel medic, Expression, Controlled, truncatula, bacteria, Controlling, symbiotic interaction between organisms, preventive therapy, protein complex, Proteins, acetylation, Phosphorylations, aerial root (narrow), Calcium-Dependent Regulator, lit, Factor, Peptide, all, development, IKKgamma, count in organism, DmIKKgamma, fertilizers, native protein, Stickstoff, Medicago, natural protein, Medicago truncatulas, Acetate, dIKK, Protein, chemical analysis, Kenny, Activator Protein, prokaryotes, phosphorylation enrichment, Bovine Activator, regulator, L-Lysine, Phosphodiesterase Activating, little, Rhizobium meliloti, Regulator, Dmikkgamma, Engineerings, 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