PAXDBapplication/xmlhttp://pax-db.org/downloads/latest/datasets/bioprojects-abundance-files-v4.0.zipprimaryOK2000000ProteomicsChristian von Mering9606https://pax-db.org/dataset/9606/2845810289mering@imls.uzh.chUniversity of ZurichPAXDBFor the rescaling, the datasets are first parsed or processed such that the data reflect proportional abundances of whole protein molecules (i.e. proportionality to counts of complete, individual protein molecules, not to molecular weights, protein volumes, or digested peptides). In the case of spectral counting data protein. The proportional abundances are rescaled linearly to add up to one million; this means the abundance of each protein of interest is finally expressed in (parts per million,) relative to all other proteins in a sample. For a given protein abundance dataset, we then compute the absolute log abundance ratios of all pairs of proteins annotated to be functionally linked. The median of these absolute log abundance ratios represents an indirect quality metric: the closer it is to zero, the better (i.e. the more there is consistency between abundance values and functional annotations such as protein complexes or pathways). We then compute a background expectation for this metric, by permuting the abundance values in a given dataset randomly, and recomputing the median log abundance ratios. The permutation is repeated several times, yielding a distribution of medians. The actually observed median is then expressed as a Z-score distance to the random distribution ofmedians—this distance is termed the interaction consistency score.The heart is a central human organ and its diseases are the leading cause of death worldwide, but an in-depth knowledge of the identity and quantity of its constituent proteins is still lacking. Here, we determine the healthy human heart proteome by measuring 16 anatomical regions and three major cardiac cell types by high-resolution mass spectrometry-based proteomics. From low microgram sample amounts, we quantify over 10,700 proteins in this high dynamic range tissue. We combine copy numbers per cell with protein organellar assignments to build a model of the heart proteome at the subcellular level. Analysis of cardiac fibroblasts identifies cellular receptors as potential cell surface markers. Application of our heart map to atrial fibrillation reveals individually distinct mitochondrial dysfunctions. The heart map is available at maxqb.biochem.mpg.de as a resource for future analyses of normal heart function and disease.Region and cell-type resolved quantitative proteomic map of the human heart.Doll Sophia S, Dreßen Martina M, Geyer Philipp E PE, Itzhak Daniel N DN, Braun Christian C, Doppler Stefanie A SA, Meier Florian F, Deutsch Marcus-Andre MA, Lahm Harald H, Lange Rüdiger R, Krane Markus M, Mann Matthias MAdd, DmelCG43443, ADD, ADD-87, Hts-RC, data, AU023367, Data Set, protein complex, supply, Proteins, Ovhts, Gene, HtsRC, CG9325, protein, neutral molecular compounds, protein-containing complex, Dmel_CG9325, Xt, Peptide, 1B1, add, Polypeptides, anon-EST:Posey9, protein polypeptide chains, native protein, peptido, htsRC, GLI3-190, natural protein, polypeptide chain, Add-hts, Protein, CG43443, Gene Products, l(2)k14523, Dmel_CG34197, l(2)00634, median, Ovhts-RC, background, supply and distribution, protein aggregate, all_pairs, molecule, Bph, molecula, Random selection by shearing, oligonucleotide random primer, proportion, HTS-R1, HTS, Hts, molecules, peptides, l(2)k06121, adducin, GLI3FL, distribution, AI854843, proportionality, add-like, HTS-RC, rate, proteins, Molekuel, Pdn, sample population, introduction, Protein Gene Products, Gene Proteins, Adducin, RANDOM, 10^[-6], ppm, sample, supply., quotient, Peptid, peptidos, Polypeptide, Attention Deficit Hyperactivity Disorder, l(2)01103, EST D, CG34197, HtsF, rationumber, Platelets., count in organism, PLATEST, Estimated, presence, cardinalityd230, human being, Herz, methionine aminopeptidase activity, A4, adult heart, branchial heart, dTAFII250, EfW1, TYPE, Human, DAGA4, dmTAF[[II]]230, circulatory vessel, Homo sapiens, dmTAF1, Taf230, 2, MAM, SCG3, Man, familial adenomatous polyposis, MAP, peptidase M activity, TAF250, adenomas, cardiac structure., rabGAPLP, Taf200, L-methionine aminopeptidase activity, dTAF[[II]]250, Man (Taxonomy), TFIID TAF250, cel, cell, heart or heart like organ, familial adenomatous polyposis 2, RabGAP-5, Taf1p, man, autosomal recessive multiple colorectal adenomas, dTAF250, cardiac pump, RUSC3, site, TAF, dorsal tube, vertebrate heart, dTAF[[II]]230, TAF[[II]]250, MUTYH-Associated Polyposis, Modern, MYH-associated polyposis, TAF200, autosomal recessive familial adenomatous polyposis, Maps, l(3)84Ab, BG:DS00004.13, Hearts, TAFII-250, TAF250/230, Cell, LGMD2C, dTAF230, TAFII250, chambered heart, p230, heart, sequence, TAF[[II]]250/230, TFIID, cardium, region, autosomal recessive, Taf[[II]]250, RUTBC3, TAF[[II]]230, DMDA1, TAF[II]250, MYH-Associated Polyposis, CG17603, TAF[[II]], primary structure of sequence macromolecule, human, RABGAP5, DmelCG17603, DMDA, Taf250, SR3-5, Modern Man, SCARMD2, multiple colorectal, MAP syndrome, TAF230, FAP2, TAF1, colorectal adenomatous polyposisnumber, Platelets., count in organism, PLATEST, Estimated, presence, cardinalityMitochondrial Disorder, Herz, determination, methionine aminopeptidase activity, Persistent Atrial Fibrillation, adult heart, protein, element, cell associated, Phosphorylation Deficiency, dmTAF[[II]]230, circulatory vessel, protein polypeptide chains, AF, Persistent Atrial, AAG, diseases, Oxidative, 2, diseases and disorders, Causes of Death, Atrial Fibrillations, Analysis, APNG, protein aggregate, Mitochondria Dysfunction, peptidase M activity, organ, Mass Spectrum Analysis, adenomas, average, portion of tissue, rabGAPLP, human disease, me75, L-methionine aminopeptidase activity, Man (Taxonomy), TFIID TAF250, Electron Transport Chain Deficiencies, Analyses, cel, heart or heart like organ, Tissue, µg, RabGAP-5, proteins, Familial, Futurology, cardiac structure, Defect, D17Mit170, T1, scientific observation, RUSC3, sample, Homo sapiens disease, Predictions and Projections, dorsal tube, vertebrate heart, dTAF[[II]]230, PIG11, Atrial fibrillation (disorder), Paroxysmal, Modern, Paroxysmal Atrial Fibrillations, MYH-associated polyposis, TAF200, ug, autosomal recessive familial adenomatous polyposis, atrial fibrillation, Mitochondrial Electron Transport Chain Deficiencies, Maps, Oxidative Phosphorylation Deficiency, Familial Atrial, TAFII-250, TAF250/230, Tl3, PIG16, Tl2, Spectrum Analysis, Spectroscopy, chambered heart, TAFII250, Diseases, Mitochondrial Respiratory Chain Deficiencies, tissue portion, simple tissue, cardium, Dysfunction, autosomal recessive, RUTBC3, Epistemology, Mitochondrial, anpg, Death Cause, Spectrometry, Paroxysmal Atrial, CG17603, TAF[[II]], human, RABGAP5, disease, Health, Oxidative Phosphorylation, Taf250, AF - Atrial fibrillation, SR3-5, Oxidative Phosphorylation Deficiencies, multiple colorectal, Mitochondria Dysfunctions, Death Causes, medical condition., Familial Atrial Fibrillation, Atrial, cell bound, ANPG, Proteomes, TAF230, Fibroblast, other disease, d230, human being, Health Resource, Peptidomics, Mitochondrial Defect, Mitochondria, Fibrillation, branchial heart, Gene, dTAFII250, Spectrum Analyses, protein-containing complex, EfW1, Atrial Fibrillation, Human, Persistent Atrial Fibrillations, Homo sapiens, polypeptide chain, dmTAF1, Taf230, Mid1, MID1, Gene Products, Mass, disease or disorder, Projections and Predictions, Low, Man, Resources, familial adenomatous polyposis, Mass Spectroscopy, MAP, TAF250, Taf200, ADPG, dTAF[[II]]250, Auricular Fibrillations, cell, familial adenomatous polyposis 2, Taf1p, man, non-neoplastic, autosomal recessive multiple colorectal adenomas, dTAF250, cardiac pump, Mitochondrial Disease, anatomical unit, Disorder, body organ, disorder, Mitochondrial Defects, TAF, measuring, Disease, TAF[[II]]250, cou, MUTYH-Associated Polyposis, protein complex, Proteins, disorders, MDG, total expressed protein, l(3)84Ab, Hearts, medical condition, BG:DS00004.13, function, Respiratory Chain Deficiencies, Cell, dTAF230, MS, Lr, native protein, Resource, natural protein, Mitochondrial Dysfunction, p230, Familial Atrial Fibrillations, heart, Protein, chemical analysis, TAF[[II]]250/230, condition, TFIID, Mass Spectrum Analyses, Paroxysmal Atrial Fibrillation, Taf[[II]]250, Mass Spectrum, Mitochondrial Dysfunctions, CRA36.1, Auricular Fibrillation, TAF[[II]]230, Fibrillations, TAF[II]250, MYH-Associated Polyposis, A-fib, sample population, Mitochondrial Disorders, Protein Gene Products, AFib, Gene Proteins, DmelCG17603, Auricular, Deficiency, Persistent, Modern Man, Bra, atrial fibrillation (disease), MAP syndrome, assay, Future, FAP2, TAF1, colorectal adenomatous polyposis0falseH.sapiens - Arterial blood vessel, copy number estimated from proteomic ruler (Dolletal,natcomm2017)abundance based on copy number estimated from proteomic ruler, Interaction consistency score: 14.7, Coverage: 312017284581028929133944ERMP1_HUMANMOT4_HUMANPPID_HUMANNUDT5_HUMANPLIN5_HUMANFHL1_HUMANSTX8_HUMANLRC47_HUMANUGDH_HUMANPFKAM_HUMANRM54_HUMANCK096_HUMANCAH12_HUMANSPTN2_HUMANFBXW2_HUMANCSN2_HUMANM3K3_HUMANOXDD_HUMANHLAC_HUMANCO4A5_HUMANPCDGA_HUMANAL3A2_HUMANCALR_HUMANUTER_HUMANDDX17_HUMANBOD1_HUMANRS4X_HUMANSCO1_HUMANSEM3A_HUMANCL073_HUMANHS12B_HUMANSTA5B_HUMANSNX3_HUMANGALT_HUMAND19L1_HUMANEIF1_HUMANCSK_HUMANNCALD_HUMANCDK16_HUMANPDC6I_HUMANFAK1_HUMANENDD1_HUMANKPBB_HUMANTPC11_HUMANCLPX_HUMANTRI63_HUMANCDC42_HUMANUFM1_HUMANPPM1G_HUMANVP33A_HUMANOAT_HUMANGORS2_HUMANGTPB1_HUMANSUZ12_HUMAN9606.ENSP00000319817MED14_HUMANRPN2_HUMANLOXL4_HUMANTRRAP_HUMANADK_HUMANADH1G_HUMANACMSD_HUMANTTC13_HUMANCAV1_HUMANGON4L_HUMANMPPB_HUMANVCIP1_HUMANNID2_HUMANPAK1_HUMANMKLN1_HUMANPCDGK_HUMANEF1D_HUMANATOX1_HUMANUBXN4_HUMANPRS23_HUMANNTRK3_HUMANT4S1_HUMANNRAP_HUMANPCM1_HUMANKAD4_HUMANPURA2_HUMANDOHH_HUMANMOCOS_HUMANRU2B_HUMANDNM1L_HUMANPGFRA_HUMANNHRF1_HUMANPRDX1_HUMANPNCB_HUMANCNDP1_HUMANPPM1B_HUMANSCRIB_HUMANPURA_HUMANMARE3_HUMANNF1_HUMANFAT4_HUMANNEP_HUMANCHIP_HUMANRL13A_HUMANTEN4_HUMANARFG1_HUMANTENS3_HUMANCPSF2_HUMANL10K_HUMANNPHP4_HUMANASCC2_HUMANACO13_HUMANGTPB6_HUMANSTRBP_HUMANM3K20_HUMANRAB5C_HUMANKCRS_HUMANCLH1_HUMANADA17_HUMANS14L2_HUMANDNJA3_HUMANMIER1_HUMANUBP10_HUMANAT11A_HUMANERO1A_HUMANGIMA4_HUMANSNX12_HUMANALG11_HUMANTRIM5_HUMANHXK1_HUMANRECQ5_HUMANCOX1_HUMANATPF1_HUMANARVC_HUMANSVEP1_HUMANMAST2_HUMANANGL6_HUMANHIG1A_HUMANANX11_HUMANPK3CD_HUMANSH2D3_HUMANTHTPA_HUMANF1711_HUMANF16P1_HUMANABHDA_HUMANNGAL_HUMANEGLN_HUMANRAB12_HUMANTYPH_HUMANPROP_HUMANPRP1_HUMANRHG29_HUMANHSPB6_HUMANHPCL1_HUMANNEGR1_HUMAN41_HUMANMTURN_HUMANHBAT_HUMANMKRN1_HUMANTM175_HUMANOSBL9_HUMANCAH2_HUMANLYPA1_HUMANSOGA1_HUMANAPOB_HUMANVATG1_HUMANANTR2_HUMANCTIF_HUMANGOGA2_HUMANTM40L_HUMANPYGM_HUMANSYIM_HUMANDOC10_HUMANUBA7_HUMANNOL11_HUMANSRAC1_HUMANV9GXZ4_HUMANCRDL1_HUMANDNS2A_HUMANCO5_HUMANMY18B_HUMANAPOA2_HUMANDOCK5_HUMANMAP1A_HUMANSNX8_HUMANPREX2_HUMANSCFD2_HUMANMETK2_HUMANCK054_HUMANGBRL1_HUMANMYDGF_HUMANNAA10_HUMANTMCO1_HUMANFABP4_HUMANIFIT5_HUMANTP53B_HUMANCX7A2_HUMANVP26C_HUMANCOX17_HUMANVP37C_HUMANLMOD2_HUMANUCHL3_HUMANBCAR1_HUMANPPM1L_HUMANVATA_HUMANHMCES_HUMANPGK1_HUMANTOR1B_HUMANCQ10A_HUMANBLVRB_HUMANEFR3A_HUMANBAD_HUMANOXLD1_HUMANTCHP_HUMANDJB12_HUMANTRIPB_HUMANAFG1L_HUMANSNTA1_HUMANTAOK3_HUMAN1433E_HUMANRM17_HUMANBST2_HUMANCGBP1_HUMANZFY16_HUMANNNTM_HUMANZG16_HUMANTMPPE_HUMANTBCD_HUMANKHK_HUMANGLPK_HUMANTFCP2_HUMANIPYR_HUMANSHPS1_HUMANSELN_HUMANTCPE_HUMANTRBM_HUMANARMC5_HUMANRNAS1_HUMANFLNB_HUMANCHTOP_HUMANNOE1_HUMANDAP1_HUMANLMBD1_HUMANSRRM2_HUMANWDR37_HUMANNEMF_HUMANPUM1_HUMANTBB6_HUMANCK5P2_HUMANFBLN4_HUMANS12A4_HUMANINT1_HUMANPP12C_HUMANDCAF1_HUMANPPA6_HUMANOPLA_HUMANDIP2A_HUMANZ3H7B_HUMANMIC10_HUMANGOGB1_HUMANOFUT2_HUMANADPRH_HUMANRFIP1_HUMANFADS3_HUMANMANBA_HUMANGALE_HUMANENTP5_HUMANA16A1_HUMANRETR3_HUMANCAVN1_HUMANPDIA6_HUMANRS9_HUMANENAH_HUMANERAP1_HUMANBORC8_HUMANCNOT2_HUMANRM03_HUMANKBP_HUMANPKN2_HUMANMYO6_HUMANLZTL1_HUMANSURF4_HUMANQSOX1_HUMANRAF1_HUMANCATL1_HUMANRT27_HUMANNAC1_HUMANRS17_HUMANITB5_HUMANRPGF2_HUMANSRFB1_HUMANG3V325_HUMANBMPER_HUMANIPO7_HUMANSETB1_HUMANPGP_HUMANRB12B_HUMANRAP2B_HUMANADH1B_HUMANNECT1_HUMANLS14B_HUMANCD248_HUMANEBP_HUMANSRRT_HUMANLPAR1_HUMANSSRA_HUMANSRP54_HUMANCF120_HUMANEHD2_HUMANRGS19_HUMANCADH1_HUMANVILI_HUMANADRO_HUMANMARCS_HUMANKIF1A_HUMANTBC9B_HUMANK319L_HUMANCNN3_HUMANCAD19_HUMANVPS29_HUMANPGTB1_HUMANCD36_HUMANSPS2L_HUMANSYF1_HUMANSYEP_HUMANMYCT1_HUMANHEMH_HUMANI3L0E3_HUMANCASP7_HUMANDDR2_HUMANABCD3_HUMANPPR1A_HUMANPRDX6_HUMANQORL1_HUMANRS12_HUMANRS21_HUMANRT22_HUMANFLOT2_HUMANTOIP1_HUMANNU5M_HUMANMFN1_HUMANJAGN1_HUMANILVBL_HUMANTATD3_HUMANPUR2_HUMANPLS4_HUMANPSD12_HUMANHECW2_HUMANTAF7_HUMANIKBB_HUMANTBC23_HUMANRAB21_HUMANJMJD7_HUMANKPCA_HUMANMTNB_HUMANFHAD1_HUMANEPDR1_HUMANSWP70_HUMANDPH5_HUMANSMD3_HUMANRABL6_HUMANHMGA1_HUMANUCRI_HUMANIMA5_HUMANSRPK2_HUMANCP27A_HUMANMABP1_HUMANSTK3_HUMANEXOC1_HUMANNIBA2_HUMANMYOZ1_HUMANCP2J2_HUMANGPX4_HUMANAOC1_HUMANFMNL3_HUMANCASQ1_HUMANRED1_HUMANXIRP2_HUMANPERM_HUMANMMRN2_HUMANKAPCA_HUMANSTK38_HUMANSATT_HUMANBCAM_HUMAN9606.ENSP00000379462DHSD_HUMANUBP24_HUMANGXLT1_HUMANBICD2_HUMANEMC7_HUMANGANC_HUMANRT31_HUMANSMCA2_HUMANDESP_HUMANCATG_HUMANELP1_HUMANPLXB2_HUMANSRPRA_HUMANFAH2A_HUMANARL8B_HUMANHCN1_HUMANGPAT3_HUMANK1C18_HUMANRIOX1_HUMANMANF_HUMANPTGDS_HUMANNTRI_HUMANSLIT1_HUMANP4K2A_HUMANMRGRF_HUMANSMRD2_HUMANHNRPM_HUMANDNLI3_HUMANRT09_HUMANFSTL1_HUMANPTN11_HUMANNHS_HUMANBTD_HUMANRMD2_HUMANCNTN1_HUMANFPPS_HUMANGALK1_HUMANGSTM5_HUMANGPV_HUMANDIAP1_HUMANPDE5A_HUMANHSF1_HUMANALG1_HUMANVAMP3_HUMANRS27L_HUMANHTSF1_HUMANLRCH1_HUMANAMPN_HUMANDKK3_HUMANINHBA_HUMANIGJ_HUMANSNX30_HUMANROA1_HUMANMMAA_HUMANARPC2_HUMANHIKES_HUMANCLCN6_HUMANTGFB1_HUMANCTBP2_HUMANMRE11_HUMANES8L2_HUMANLA_HUMANANR44_HUMANAHSA1_HUMANCATB_HUMANNGLY1_HUMANMCUR1_HUMANRBSK_HUMANPTPRF_HUMANPTK7_HUMANSRXN1_HUMANATX2L_HUMANS39AE_HUMANLYN_HUMANRL7A_HUMANKS6A1_HUMANUMPS_HUMANMYH7B_HUMANEGLN1_HUMANA0A087WZE9_HUMANCOMD8_HUMANFIS1_HUMANHNRPR_HUMANPACS1_HUMANPCY2_HUMANFHR1_HUMANPGCA_HUMANABCC9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