PeptideAtlasapplication/xmlftp://ftp.peptideatlas.org/pub/PeptideAtlas/Repository/Yeast/PAe000145/PAe000145_Search_Results_429_201104201859.tar.gzftp://ftp.peptideatlas.org/pub/PeptideAtlas/Repository/Yeast/PAe000145/PAe000145_Search_Results_429_201104201859.propertiesftp://ftp.peptideatlas.org/pub/PeptideAtlas/Repository/Yeast/PAe000145/PAe000145_prot_429_201104201901.tar.gzftp://ftp.peptideatlas.org/pub/PeptideAtlas/Repository/Yeast/PAe000145/PAe000145_mzXML_201104201852.tar.gzftp://ftp.peptideatlas.org/pub/PeptideAtlas/Repository/Yeast/PAe000145/PAe000145_RAW_201104201856.tar.gzftp://ftp.peptideatlas.org/pub/PeptideAtlas/Repository/Yeast/PAe000145/PAe000145_prot_429_201104201901.propertiesftp://ftp.peptideatlas.org/pub/PeptideAtlas/Repository/Yeast/PAe000145/PAe000145_mzXML_201104201852.propertiesftp://ftp.peptideatlas.org/pub/PeptideAtlas/Repository/Yeast/PAe000145/PAe000145_READMEprimaryOK200Steven Gygi et al. (Harvard)TPP'https://db.systemsbiology.net/sbeams/cgi/PeptideAtlas/ManageTable.cgi?TABLE_NAME=AT_sample&sample_id=156'edeutsch@systemsbiology.orgPeptideAtlasProteomicsLCQ DECASaccharomyces CerevisiaeHighly complex protein mixtures can be directly analyzed after proteolysis by liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). In this paper, we have utilized the combination of strong cation exchange (SCX) and reversed-phase (RP) chromatography to achieve two-dimensional separation prior to MS/MS. One milligram of whole yeast protein was proteolyzed and separated by SCX chromatography (2.1 mm i.d.) with fraction collection every minute during an 80-min elution. Eighty fractions were reduced in volume and then re-injected via an autosampler in an automated fashion using a vented-column (100 microm i.d.) approach for RP-LC-MS/MS analysis. More than 162,000 MS/MS spectra were collected with 26,815 matched to yeast peptides (7,537 unique peptides). A total of 1,504 yeast proteins were unambiguously identified in this single analysis. We present a comparison of this experiment with a previously published yeast proteome analysis by Yates and colleagues (Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-7). In addition, we report an in-depth analysis of the false-positive rates associated with peptide identification using the Sequest algorithm and a reversed yeast protein database. New criteria are proposed to decrease false-positives to less than 1% and to greatly reduce the need for manual interpretation while permitting more proteins to be identified.Evaluation of multidimensional chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC/LC-MS/MS) for large-scale protein analysis: the yeast proteome.Peng Junmin J, Elias Joshua E JE, Thoreen Carson C CC, Licklider Larry J LJ, Gygi Steven P SPfalseyeastyeast2003-12-312016-03-29PAe000145YAL003WYAL005CYAL012WYAL016WYAL017WYAL019WYAL020CYAL021CYAL023CYAL029CYAL030WYAL035WYAL038WYAL043CYAL044CYAL046CYAL049CYAL054CYAL060WYAR002WYAR007CYAR015WYAR035WYBL002WYBL003CYBL005W-BYBL007CYBL015WYBL017CYBL022CYBL023CYBL024WYBL027WYBL030CYBL032WYBL036CYBL039CYBL041WYBL045CYBL047CYBL050WYBL051CYBL056WYBL058WYBL064CYBL068WYBL069WYBL072CYBL076CYBL087CYBL091CYBL092WYBL099WYBL102WYBL105CYBR001CYBR006WYBR009CYBR011CYBR015CYBR017CYBR025CYBR026CYBR031WYBR034CYBR035CYBR039WYBR046CYBR048WYBR053CYBR054WYBR056WYBR058CYBR072WYBR078WYBR079CYBR084WYBR085C-AYBR086CYBR087WYBR088CYBR092CYBR093CYBR095CYBR101CYBR103WYBR106WYBR109CYBR111CYBR112CYBR115CYBR118WYBR121CYBR122CYBR126CYBR127CYBR130CYBR139WYBR140CYBR142WYBR143CYBR145WYBR149WYBR151WYBR154CYBR164CYBR169CYBR172CYBR177CYBR181CYBR189WYBR191WYBR193CYBR196CYBR200WYBR205WYBR208CYBR214WYBR218CYBR221CYBR222CYBR234CYBR244WYBR245CYBR247CYBR248CYBR249CYBR252WYBR260CYBR261CYBR263WYBR269CYBR273CYBR276CYBR278WYBR279WYBR281CYBR282WYBR286WYCL005W-AYCL009CYCL011CYCL017CYCL028WYCL029CYCL030CYCL033CYCL035CYCL037CYCL040WYCL043CYCL045CYCL050CYCL057WYCR004CYCR005CYCR009CYCR010CYCR012WYCR020W-BYCR021CYCR028C-AYCR030CYCR031CYCR051WYCR052WYCR053WYCR061WYCR072CYCR073W-AYCR075W-AYCR077CYCR084CYCR088WYCR093WYDL002CYDL004WYDL007WYDL014WYDL022WYDL029WYDL040CYDL046WYDL051WYDL053CYDL055CYDL058WYDL061CYDL065CYDL066WYDL075WYDL078CYDL081CYDL083CYDL084WYDL086WYDL092WYDL095WYDL097CYDL099WYDL100CYDL103CYDL110CYDL112WYDL113CYDL121CYDL122WYDL124WYDL125CYDL126CYDL130WYDL130W-AYDL131WYDL132WYDL135CYDL136WYDL140CYDL141WYDL143WYDL145CYDL147WYDL160CYDL171CYDL174CYDL178WYDL181WYDL182WYDL185WYDL188CYDL190CYDL192WYDL193WYDL195WYDL201WYDL204WYDL208WYDL215CYDL223CYDL224CYDL225WYDL226CYDL229WYDL237WYDR001CYDR002WYDR017CYDR019CYDR023WYDR032CYDR033WYDR035WYDR037WYDR044WYDR047WYDR050CYDR055WYDR060WYDR064WYDR067CYDR070CYDR071CYDR074WYDR087CYDR091CYDR092WYDR101CYDR104CYDR122WYDR127WYDR129CYDR138WYDR143CYDR148CYDR150WYDR152WYDR153CYDR155CYDR156WYDR158WYDR165WYDR168WYDR169CYDR170CYDR171WYDR172WYDR174WYDR175CYDR182WYDR188WYDR189WYDR190CYDR194CYDR195WYDR208WYDR210C-DYDR211WYDR212WYDR214WYDR216WYDR226WYDR232WYDR233CYDR234WYDR238CYDR258CYDR264CYDR272WYDR283CYDR292CYDR293CYDR298CYDR299WYDR300CYDR303CYDR304CYDR305CYDR320CYDR321WYDR325WYDR328CYDR341CYDR342CYDR345CYDR346CYDR348CYDR353WYDR358WYDR363W-AYDR368WYDR378CYDR380WYDR381WYDR382WYDR385WYDR388WYDR391CYDR394WYDR395WYDR408CYDR418WYDR424CYDR425WYDR427WYDR429CYDR432WYDR447CYDR450WYDR453CYDR454CYDR481CYDR484WYDR487CYDR490CYDR500CYDR502CYDR505CYDR510WYDR513WYDR515WYDR516CYDR517WYDR518WYDR519WYDR525W-AYDR529CYDR533CYDR539WYEL011WYEL012WYEL013WYEL022WYEL026WYEL027WYEL031WYEL032WYEL034WYEL037CYEL039CYEL042WYEL047CYEL056WYEL058WYEL060CYEL071WYER003CYER007C-AYER008CYER009WYER020WYER021WYER022WYER023WYER025WYER027CYER029CYER030WYER034WYER036CYER042WYER043CYER048CYER048W-AYER049WYER052CYER055CYER056C-AYER057CYER061CYER062CYER065CYER067WYER068WYER069WYER073WYER074WYER078CYER081WYER083CYER086WYER089CYER090WYER091CYER094CYER103WYER110CYER114CYER120WYER125WYER126CYER133WYER134CYER136WYER139CYER143WYER146WYER148WYER151CYER156CYER157WYER164WYER165WYER177WYER178WYFL004WYFL005WYFL007WYFL010CYFL014WYFL016CYFL017CYFL018CYFL022CYFL023WYFL029CYFL030WYFL033CYFL034C-AYFL037WYFL038CYFL039CYFL045CYFL048CYFR001WYFR002WYFR004WYFR006WYFR009WYFR010WYFR014CYFR015CYFR016CYFR017CYFR018CYFR019WYFR024C-AYFR031C-AYFR032C-AYFR037CYFR040WYFR044CYFR048WYFR050CYFR051CYFR052WYFR053CYGL001CYGL008CYGL009CYGL011CYGL014WYGL016WYGL018CYGL026CYGL030WYGL031CYGL037CYGL038CYGL039WYGL040CYGL044CYGL048CYGL049CYGL054CYGL055WYGL056CYGL058WYGL061CYGL062WYGL068WYGL070CYGL073WYGL076CYGL078CYGL087CYGL095CYGL097WYGL103WYGL105WYGL106WYGL120CYGL123WYGL129CYGL135WYGL137WYGL147CYGL148WYGL150CYGL156WYGL157WYGL159WYGL167CYGL173CYGL185CYGL187CYGL189CYGL190CYGL191WYGL195WYGL197WYGL200CYGL202WYGL206CYGL207WYGL208WYGL213CYGL220WYGL221CYGL227WYGL232WYGL234WYGL237CYGL238WYGL241WYGL242CYGL245WYGL252CYGL253WYGR001CYGR008CYGR019WYGR020CYGR027CYGR027W-AYGR032WYGR037CYGR043CYGR061CYGR063CYGR067CYGR080WYGR084CYGR085CYGR086CYGR088WYGR094WYGR103WYGR116WYGR118WYGR123CYGR124WYGR130CYGR135WYGR136WYGR148CYGR155WYGR159CYGR162WYGR165WYGR167WYGR169C-AYGR175CYGR178CYGR180CYGR184CYGR185CYGR186WYGR189CYGR192CYGR193CYGR200CYGR204WYGR205WYGR207CYGR209CYGR210CYGR211WYGR214WYGR218WYGR229CYGR232WYGR233CYGR234WYGR240CYGR244CYGR248WYGR253CYGR254WYGR255CYGR256WYGR264CYGR267CYGR268CYGR270WYGR278WYGR282CYGR285CYHL007CYHL015WYHL021CYHL030WYHL032CYHL034CYHR001WYHR001W-AYHR008CYHR009CYHR010WYHR013CYHR016CYHR018CYHR019CYHR020WYHR021CYHR025WYHR027CYHR029CYHR030CYHR037WYHR039C-AYHR041CYHR042WYHR043CYHR047CYHR049WYHR051WYHR052WYHR064CYHR068WYHR073WYHR074WYHR089CYHR094CYHR096CYHR097CYHR104WYHR106WYHR108WYHR112CYHR113WYHR121WYHR128WYHR132CYHR137WYHR138CYHR141CYHR143W-AYHR146WYHR158CYHR163WYHR165CYHR169WYHR170WYHR174WYHR179WYHR183WYHR193CYHR200WYHR201CYHR203CYHR205WYHR206WYHR207CYHR208WYHR215WYHR216WYIL008WYIL010WYIL021WYIL033CYIL034CYIL038CYIL041WYIL043CYIL044CYIL051CYIL053WYIL057CYIL062CYIL070CYIL074CYIL075CYIL076WYIL078WYIL083CYIL094CYIL105CYIL107CYIL109CYIL115CYIL116WYIL118WYIL125WYIL126WYIL129CYIL130WYIL133CYIL137CYIL138CYIL142WYIL154CYIL155CYIL169CYIR001CYIR004WYIR006CYIR008CYIR026CYIR031CYIR034CYIR036CYIR037WYJL001WYJL002CYJL005WYJL008CYJL012CYJL014WYJL020CYJL026WYJL033WYJL034WYJL041WYJL042WYJL052WYJL053WYJL055WYJL060WYJL063CYJL068CYJL070CYJL080CYJL099WYJL101CYJL111WYJL115WYJL128CYJL130CYJL131CYJL136CYJL138CYJL140WYJL155CYJL164CYJL165CYJL167WYJL168CYJL172WYJL173CYJL179WYJL184WYJL189WYJL190CYJL192CYJL200CYJL201WYJL217WYJR007WYJR009CYJR014WYJR016CYJR017CYJR019CYJR025CYJR033CYJR045CYJR047CYJR048WYJR059WYJR060WYJR064WYJR065CYJR068WYJR069CYJR070CYJR076CYJR077CYJR080CYJR091CYJR094W-AYJR096WYJR103WYJR104CYJR105WYJR109CYJR117WYJR121WYJR123WYJR125CYJR132WYJR135W-AYJR137CYJR139CYJR142WYJR143CYJR144WYJR148WYKL006WYKL007WYKL013CYKL014CYKL018WYKL024CYKL025CYKL029CYKL033W-AYKL035WYKL040CYKL053C-AYKL054CYKL055CYKL056CYKL058WYKL060CYKL063CYKL067WYKL073WYKL077WYKL080WYKL081WYKL085WYKL091CYKL093WYKL103CYKL104CYKL112WYKL117WYKL126WYKL127WYKL135CYKL142WYKL145WYKL148CYKL150WYKL151CYKL152CYKL157WYKL174CYKL179CYKL180WYKL181WYKL182WYKL191WYKL193CYKL195WYKL196CYKL204WYKL210WYKL211CYKL212WYKL214CYKL215CYKL216WYKL217WYKR001CYKR002WYKR014CYKR018CYKR026CYKR028WYKR035W-AYKR038CYKR043CYKR046CYKR048CYKR062WYKR066CYKR067WYKR070WYKR071CYKR072CYKR074WYKR076WYKR080WYKR084CYKR095WYKR095W-AYKR096WYKR097WYLL001WYLL013CYLL018CYLL021WYLL024CYLL026WYLL034CYLL040CYLL045CYLL050CYLR025WYLR027CYLR028CYLR029CYLR033WYLR038CYLR043CYLR044CYLR045CYLR055CYLR058CYLR059CYLR060WYLR061WYLR070CYLR071CYLR075WYLR083CYLR088WYLR089CYLR106CYLR109WYLR113WYLR114CYLR118CYLR133WYLR134WYLR137WYLR150WYLR153CYLR167WYLR174WYLR175WYLR177WYLR178CYLR179CYLR180WYLR181CYLR182WYLR185WYLR192CYLR195CYLR196WYLR197WYLR199CYLR200WYLR203CYLR208WYLR216CYLR229CYLR231CYLR244CYLR248WYLR249WYLR257WYLR258WYLR259CYLR262C-AYLR264WYLR270WYLR276CYLR285WYLR287CYLR287C-AYLR291CYLR293CYLR295CYLR300WYLR301WYLR303WYLR304CYLR310CYLR314CYLR319CYLR324WYLR325CYLR327CYLR330WYLR335WYLR337CYLR340WYLR342WYLR344WYLR345WYLR354CYLR355CYLR357WYLR359WYLR362WYLR369WYLR370CYLR375WYLR377CYLR380WYLR384CYLR388WYLR389CYLR390W-AYLR401CYLR403WYLR410WYLR417WYLR418CYLR420WYLR429WYLR432WYLR433CYLR438WYLR441CYLR447CYLR448WYLR449WYLR460CYML001WYML008CYML010WYML012WYML017WYML022WYML028WYML035CYML042WYML046WYML049CYML054CYML056CYML057WYML059CYML069WYML070WYML071CYML072CYML073CYML074CYML078WYML085CYML092CYML100WYML106WYML109WYML117WYML120CYML124CYML126CYML128CYMR005WYMR012WYMR027WYMR031CYMR038CYMR039CYMR046CYMR049CYMR058WYMR061WYMR062CYMR072WYMR074CYMR076CYMR079WYMR080CYMR083WYMR086WYMR090WYMR092CYMR093WYMR099CYMR105CYMR108WYMR109WYMR114CYMR116CYMR117CYMR120CYMR125WYMR128WYMR130WYMR131CYMR139WYMR140WYMR142CYMR146CYMR169CYMR170CYMR173WYMR174CYMR183CYMR186WYMR189WYMR194WYMR196WYMR202WYMR203WYMR205CYMR206WYMR208WYMR214WYMR215WYMR216CYMR217WYMR220WYMR226CYMR229CYMR235CYMR242CYMR246WYMR250WYMR260CYMR261CYMR267WYMR276WYMR277WYMR280CYMR296CYMR297WYMR300CYMR307WYMR309CYMR311CYMR314WYMR315WYMR318CYNL007CYNL010WYNL015WYNL016WYNL021WYNL035CYNL037CYNL041CYNL044WYNL045WYNL055CYNL059CYNL061WYNL064CYNL069CYNL071WYNL079CYNL084CYNL087WYNL088WYNL096CYNL098CYNL100WYNL112WYNL113WYNL117WYNL118CYNL121CYNL132WYNL134CYNL135CYNL137CYNL138WYNL151CYNL153CYNL154CYNL157WYNL160WYNL166CYNL168CYNL173CYNL175CYNL177CYNL178WYNL183CYNL185CYNL189WYNL195CYNL197CYNL200CYNL207WYNL208WYNL216WYNL220WYNL231CYNL241CYNL243WYNL244CYNL247WYNL248CYNL251CYNL255CYNL259CYNL264CYNL265CYNL271CYNL274CYNL281WYNL284C-AYNL287WYNL288WYNL292WYNL298WYNL301CYNL302CYNL306WYNL307CYNL308CYNL309WYNL313CYNL315CYNR001CYNR010WYNR016CYNR029CYNR031CYNR034WYNR034W-AYNR035CYNR043WYNR050CYNR051CYNR053CYOL004WYOL006CYOL012CYOL021CYOL022CYOL030WYOL038WYOL039WYOL040CYOL041CYOL045WYOL049WYOL051WYOL057WYOL058WYOL059WYOL061WYOL064CYOL066CYOL070CYOL073CYOL076WYOL077CYOL086CYOL090WYOL093WYOL094CYOL097CYOL109WYOL111CYOL123WYOL127WYOL139CYOL143CYOL155CYOR001WYOR007CYOR008CYOR020CYOR027WYOR042WYOR046CYOR051CYOR061WYOR063WYOR067CYOR086CYOR089CYOR090CYOR096WYOR098CYOR099WYOR108WYOR109WYOR115CYOR116CYOR117WYOR120WYOR122CYOR123CYOR124CYOR128CYOR136WYOR138CYOR142WYOR151CYOR155CYOR163WYOR164CYOR165WYOR167CYOR168WYOR173WYOR176WYOR184WYOR187WYOR189WYOR196CYOR197WYOR198CYOR204WYOR206WYOR209CYOR215CYOR217WYOR220WYOR224CYOR229WYOR230WYOR232WYOR234CYOR239WYOR251CYOR254CYOR259CYOR261CYOR267CYOR270CYOR276WYOR280CYOR285WYOR286WYOR293WYOR298C-AYOR308CYOR310CYOR317WYOR323CYOR326WYOR327CYOR329CYOR332WYOR335CYOR340CYOR341WYOR347CYOR353CYOR354CYOR356WYOR357CYOR361CYOR362CYOR369CYOR370CYOR374WYOR375CYPL004CYPL009CYPL010WYPL012WYPL013CYPL019CYPL022WYPL028WYPL030WYPL031CYPL032CYPL037CYPL048WYPL061WYPL063WYPL065WYPL079WYPL082CYPL084WYPL085WYPL091WYPL093WYPL106CYPL110CYPL111WYPL112CYPL117CYPL118WYPL119CYPL126WYPL129WYPL131WYPL137CYPL143WYPL145CYPL154CYPL160WYPL170WYPL171CYPL178WYPL180WYPL183CYPL188WYPL190CYPL195WYPL199CYPL204WYPL206CYPL207WYPL210CYPL212CYPL218WYPL222WYPL223CYPL225WYPL226WYPL228WYPL229WYPL230WYPL231WYPL235WYPL237WYPL239WYPL243WYPL246CYPL247CYPL249C-AYPL254WYPL260WYPL262WYPL263CYPL273WYPR004CYPR010CYPR016CYPR024WYPR025CYPR028WYPR035WYPR036WYPR036W-AYPR042CYPR052CYPR055WYPR060CYPR062WYPR063CYPR069CYPR074CYPR081CYPR091CYPR103WYPR108WYPR110CYPR111WYPR118WYPR133CYPR141CYPR145WYPR147CYPR148CYPR149WYPR154WYPR160WYPR163CYPR169WYPR171WYPR172WYPR173CYPR181CYPR183WYPR184WYPR187WYPR190CYPR191W12643542P06208-2P07263-2P21269-3P38431-2Q01532R0020C