PeptideAtlasTPP'https://db.systemsbiology.net/sbeams/cgi/PeptideAtlas/ManageTable.cgi?TABLE_NAME=AT_sample&sample_id=5358'PeptideAtlasProteomicsLTQ FTLeptospira InterrogansOver the past decade, liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) has evolved into the main proteome discovery technology. Up to several thousand proteins can now be reliably identified from a sample and the relative abundance of the identified proteins can be determined across samples. However, the remeasurement of substantially similar proteomes, for example those generated by perturbation experiments in systems biology, at high reproducibility and throughput remains challenging. Here, we apply a directed MS strategy to detect and quantify sets of pre-determined peptides in tryptic digests of cells of the human pathogen Leptospira interrogans at 25 different states. We show that in a single LC-MS/MS experiment around 5000 peptides, covering 1680 L. interrogans proteins, can be consistently detected and their absolute expression levels estimated, revealing new insights about the proteome changes involved in pathogenic progression and antibiotic defense of L. interrogans. This is the first study that describes the absolute quantitative behavior of any proteome over multiple states, and represents the most comprehensive proteome abundance pattern comparison for any organism to date.Absolute quantification of microbial proteomes at different states by directed mass spectrometry.Schmidt Alexander A, Beck Martin M, Malmström Johan J, Lam Henry H, Claassen Manfred M, Campbell David D, Aebersold Ruedi RfalseLInterrogans_1D-LCL. interrogans 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