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Agricultural Universityhttps://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1279340In this study, we evaluated the effects of in ovo embryonic injection of quercetin (Q), vitamin E (VE), and their combination (Q+VE) on the cecal microbiome, immune-metabolic responses, and intestinal morphology of broiler chickens exposed to cyclic heat stress (HS) . At embryonic day 12 (E12), viable eggs (n = 500) were randomly allocated into five experimental groups (100 eggs per group), each with four replicates (25 eggs per replicate). The treatment groups were as follows: Negative Control (NC): 0.2 mL of sterile deionized water Positive Control (PC): 2.5 mg of Lactobacillus-based probiotic in 0.2 mL volume Quercetin (Q): 4.5 mg of quercetin hydrate (>=95% purity) in 0.2 mL solution Vitamin E (VE): 0.1 mL of a 60.4 IU/mL vitamin E solution and Quercetin + Vitamin E (Q+VE): 4.5 mg quercetin hydrate + 0.1 mL vitamin E solution. Comprehensive metagenomic and metatranscriptomic sequencing revealed that Q+VE significantly restructured the cecal microbiota by enriching beneficial phyla including Bacteroidota, Bacillota, and Bifidobacterium, while reducing HS-associated Clostridium species.ENAfalseIn ovo quercetin and vitamin E synergistically reprogram the cecal microbiome and host transcriptome to enhance thermotolerance and gut resilience in broiler chickens2025-06-212025-06-21PRJNA1279340